Hanna volta a Meadows com seu disfarce de cadete leal à Utrax intacto graças a John Carmichael, o chefe do programa de cadetes coagido por Marissa a ajudar. Enquanto as cadetes se preparam para suas primeiras missões, Marissa contacta um analista da CIA em Vienna que está na lista de alvos, e o usa para conseguir informações. Em Paris, Hanna conhece seu alvo, Abbas, um carismático jovem ativista.

Incapaz de esquecer Abbas, Hanna quebra o protocolo e o visita no esconderijo. E Marissa se descontrola ao reconhecer o Diretor da foto de Hanna. Enquanto Hanna e Marissa planejam sabotar o assassinato seguinte, um pequeno erro levanta suspeitas. Hanna intercepta o agente da Utrax enviado para investigar, mas Carmichael é exposto como traidor, o que faz Hanna e Marissa serem cercadas.

Hanna e Marissa agem depressa agora que foram desmascaradas. Elas planejam ir a Viena, achando que o QG dos Pioneiros e o lar do programa de assassinatos seja lá, mas primeiro Hanna vai procurar Abbas. Marissa continua a caminho de Viena. As duas não sabem que estão indo para uma armadilha.

Hanna e Marissa invadem o QG dos Pioneiros e descobrem a assustadora verdade sobre a lista de assassinatos, e sobre como ela é feita. Lá dentro, Marissa enfrenta Evans (conhecido como Diretor), e permite que Hanna escape com as provas para destruir o programa.

Hanna e Marissa estão por um fio. Hanna é refém de Evans, e as provas que Marissa tem para destruir o programa estão criptografadas, e inúteis. Quando Hanna tenta escapar, ela descobre o que pode ser a chave para derrubar os Pioneiros, mas o interrogatório brutal de Evans pode acabar com Hanna antes que ela faça uso da chave.

Hanna e Marissa voltam ao QG dos Pioneiros como prisioneiras, mas com a missão de destravar as provas que precisam para destruir o programa. Quando percebem que Abbas e sua filha estão em perigo, elas correm para resgatá-los. Nas florestas nos arredores de Viena, Hanna deve salvar Abbas, enquanto Marissa enfrenta Evans pela última vez.