NCIS ～ ネイビー犯罪捜査班

極秘任務を言い渡されてから数ヶ月後、トニーは銃撃を受け、病院に運ばれていた。

アフガニスタンから帰還した海軍兵の青年が、自宅でのサプライズパーティーの出迎えを前に、腹部を刺された状態で倒れ込み命を落とす。

海軍補佐官が殺害され、遺留品からマクギーの連絡先が見つかる。彼に心当たりはなかったが、補佐官が最後に連絡した人物がマクギーの祖母ペネロペだと分かり、チームは聞き込みを始めることに。

ＦＢＩが指名手配していた暗殺者が事故に遭い、彼の次の標的が海軍少佐ブレットであることが判明。ジヴァがブレット少佐の護衛につき、ギブスたちは暗殺の依頼者を探ろうとする。

沿岸警備隊が不審船を捜索中、何者かに発砲されて隊員の１人が死亡する。ＣＧＩＳのボーリン捜査官と合同捜査を行うことになったギブスたちは、発砲した船員が救命ボートで逃げたと推測。

酔った様子で道路を横切っていた海軍大尉が、トラックにはねられた直後に口から水を流して死亡。犯人が大尉に薬物を与え、ノドの渇きを引き起こしたあとに水中毒で死亡させたことが分かり、ダッキーは犯人の独創性に興味を持つ。

ギブスとフォーネルは、共通の元妻ダイアンに呼び出される。ダイアンは半年前に結婚したヴィクターが家に帰らないため、捜索してほしいと依頼。

アフガニスタンから遺体を移送していた航空機が墜落する。ＮＣＩＳが遺体の身元を確認すると、現地で死亡したはずのフローレス中尉の遺体が、機内に乗っていなかったことが発覚。

アフガニスタンの女子教育を推進していたフローレス中尉が、学校を襲撃した反乱グループに誘拐されてしまう。彼女を帰国させる命を受けたギブスは、ジヴァと共に現へ。

ロールス･ロイスのトランクから海軍大尉の死体が発見される。その運転席に座っていたのは、何と泥酔したトニーの父親アンソニー･ディノッゾ･シニアだった。

クリスマスイブにホテルで海軍大佐が殺害される。ＮＣＩＳが現場を検証中、ホテルの部屋に謎の女性から電話があり、大佐と行動を共にしていたことが明らかに。彼女の行方を追うギブスたちは、田舎のショッピングモールでその女性を発見。彼女は何と臨月の海兵隊員で、産休に入ってから何者かに追われているという。ギブスは彼女をかくまいながら犯人を突き止めようとするが、大雪の影響で足止めを食らってしまう。

海軍中佐が車で走行中、銃弾を浴びて死亡する。目撃者によれば、助手席に乗っていた女性が発砲後に現場から逃走。

駐在武官として海外を飛び回っていた女性少佐バリスが殺害される。ＮＣＩＳが現場を検証中、取り乱した少佐の夫が現場に乱入。彼は殺人課の刑事であり、自ら捜査を行おうとしてＮＣＩＳと対立する。

レストランでコーヒーを飲んでいたギブスは、何者かに銃を向けられる。発砲の直後、ギブスの前に立っていたのは死んだはずのマイク･フランクス。

海軍大佐と生花店の主人が殺害される。現場の生花店では金庫が開けられ、留守電には脅迫メッセージが残されていた。

海軍予備役の心理学者バンクス博士が自殺を図る。しかしバンクス博士の知人だったクランストン博士は、彼が危険な心理戦の担当だったことから、自殺でなく殺人だと主張。

麻薬所持で逮捕されたワイリー兵曹長が、ＮＣＩＳに司法取引を持ちかける。彼は武器商人アガー･バヤルの情報を持っていると言うが、それを明かす前に突然死してしまう。

ある会合の場で海軍長官が銃弾を浴びる。その場は騒然となるが、実はＮＣＩＳと心理戦部門が合同で長官暗殺を偽装し、海軍に脅迫メールを送った者を暴こうという試みだった。

休暇中の水兵アダムスの死体が発見される。被疑者として警察が拘束したのは、何とヴァンス局長の義弟マイケルだった。ギブスがマイケルを取り調べる一方で、トニーとジヴァはアダムスの恋人の家へ。

海兵隊中尉の死体が空から落ちてくる。死体からは従軍牧師ウェイドのコインが発見され、彼女の同僚カストロ牧師の話によれば、ウェイド牧師は救援任務中にコロンビアで失踪していた。ジヴァは元インターポール捜査官の友人モニークに連絡を取り、麻薬カルテルがアメリカの軍人を誘拐したという情報を入手。ギブスはジヴァとトニー、さらに志願したカストロ牧師をコロンビアに送り込み、モニークと共にウェイド牧師を捜索させる。

ある倉庫で火事が発生し、海軍の極秘資料が保管されていたことから、ＮＣＩＳが被害の確認を行う。すると火事の犠牲者がウォッチャー艦隊の作戦部隊ファントム８のメンバーであることが発覚。

空母ブルワーで火事が発生し、海兵隊員と民間企業の技術者が犠牲に。これまでの放火に使われた燃焼促進剤と一致したため、ギブスたちは引き続き事件の黒幕を追う。

ドーニゲット捜査官の歯に盗聴器が仕掛けられていたことが発覚。ギブスたちはドーニゲットの歯科医の取り調べを行い、対艦艇テロの容疑者ハーパー･ディアリングの仕業であることを突き止める。

ヴァンス局長が帰宅途中に失踪し、ＮＣＩＳは乗り捨てられた車を調査。一方、ヴァンスが霊廟の石棺の中で目を覚ますと、隣には海軍大尉ウィッティングの遺体が安置されていた。