Az első évad után Mason, Nadia és Bernard Európa különböző pontjain rejtőzik. Mason identitásválságban van, Nadia a lányával menekül Aparna elől, Bernard pedig összefog a volt CIA-ügynök Hutchcsal, hogy megállítsa Paulo Bragát. Egy titok kerül napvilágra, amikor Nadia Frank Sharpe-pal kerül szemtől szembe.

Abby szökése pusztító eseményeket idéz elő, miközben Mason a Mantikór gyilkosaival harcol. Paulo és Joana a fegyverüket fejlesztik, és közben Masont üldözik. Bernard és Hutch újra összeszedi a csapatot. Mason összecsap Nadiával, majd egy régi ellenség segítségét kéri, és felfedi Bernard sötét titkát.

Paulo tervének megvalósítása felgyorsul, közben Mason és Nadia kénytelen szövetséget kötni. Bernarddal, Hutchcsal, Celine-nel és Frank Sharpe-pal merész küldetésre vállalkoznak, hogy megtalálják a titokzatos hackert, aki megakadályozhatja a világméretű katasztrófát.

Miután kiderítik Edison valódi kilétét, a csapat egy nagyszabású gálára összpontosít, ahol a célpont várhatóan megjelenik. A feszültség Mason és Nadia között eléri a robbanáspontot, és ellenségeik már közel járnak, de egy rossz döntés az egész küldetést veszélybe sodorja.

Mason és Dahlia egy kockázatos fogolycserét terveznek, hogy Abbyt kiszabadíthassák. Mivel azonban Mason összeomlása veszélybe sodorhatja a tervet, mindkét fél igyekszik lebonyolítani a cserét, aminek eredményeként Abby meglepő dolgot árul el, ami mindent megváltoztat.

Joana egyre sebesebben halad tervével, hogy megölje az orosz elnököt az G8-as csúcstalálkozón, közben Mason és Nadia Skóciába, egy rejtekhelyre viszi Abbyt. De kiderül a szörnyű igazság arról, hogy mit tettek Abbyvel, és ez pusztító eseménysort indít el.

A Citadella ügynökei igyekeznek megakadályozni, hogy Joana megölje Aronov elnököt a G8-as csúcstalálkozón, ahol Joana az orosz műholdak feletti irányítást is át akarja venni. A csapat veszélyes akciót hajt végre, és lehetetlen, halálos döntéseket hozniuk a végső összecsapás során.