Clockwork Planet

Um Relojoeiro chamado Y recriou o planeta Terra com mecanismos de relógio e o chamou de Clockwork Planet.

A menina prodígio da Meister Guild, Marie Bell Breguet, é enviada para investigar a anomalia na Kyoto Core Tower. Lá, ela percebe que o exército está tramando algo.

Marie se depara com RyuZU, quem ela achou qeue estivesse quebrada todo esse tempo. Quando ela descobre que Naoto a consertou, urgentemente ela pede a ajuda dele para evitar o expurgo do Grid Kyoto.

Quando Naoto descobre que a irmã de RyuZU está no porão da torre, ele concorda em ajudar. Depois de várias tentativas, eles chegam até os andares mais profundos da Core Tower para continuar o trabalho necessário.

Marie e Naoto acabam não encontrando a irmã de RyuZU, AnchoR, no fundo da Core Tower. Uma onda de rádio ilegal desperta o interesse de Marie, colocando-a em outro fogo cruzado...

O confronto de RyuZU e AnchoR, com os outros, continua. Por uma fenda no chão, Naoto cai para o Subterrâneo Profundo, um lugar não habitável como o espaço. Marie sofre com a perda, mas decide combater o governo.

Com a trama em curso, Naoto e Marie estão preocupados com o confronto da arma e massa e o exército, mas também precisam ajudar AnchoR.

O Japão inteiro está preocupado com a arma eletromagnética que assola Akihabara. Os líderes começam a se questionar sobre quem mais pode ter rompido o tratado a respeito de pesquisa nessa área proibida.

Para consertar RyuZU e Halter, que ficaram imóveis pelo ataque eletromagnético, Naoto e Marie vão para o Grid Ueno se encontrar com Konrad.

Marie e Naoto estão procurando um novo autômato para o Halter, enquanto o plano deles segue em curso.

Marie e Naoto estão correndo contra o tempo, mas acontece outro disparo da grande arma. Quando as esperanças estão perdidas, surge uma nova luz.

AnchoR tenta destruir a grande máquina, enquanto Naoto e Marie tentam reparar o Pilar do Céu.