Une créature qui a fait exploser la lune, n’en laissant qu’un croissant, se présente à l’école Kunugigaoka et donne un an aux élèves pour le tuer.

La raison de la brouille au sein de la classe E est connue. Nagisa traque les points faibles de Koro Sensei en espérant les utiliser contre lui.

L’ancien camarade de classe de Nagisa, le brillant et belliqueux Karma Akabane rejoint la classe 3-E et saute à pieds joints dans la mission d’assassinat.

Une nouvelle prof de langue étrangère arrive dans la classe 3-E avec une grande idée en tête… Va-t-elle réussir à tuer Koro Sensei ?

Une fois par mois, l'établissement de Kunugigaoka se réunit en assemblée dans son enceinte principale. C'est l'occasion pour la classe E de descendre de la colline où elle est tenue à l'écart, et de rejoindre le reste des élèves, mais aussi d'endurer les brimades et discriminations liées à leur statut particulier.

Les partiels approchent et le Pr Koro est déterminé à améliorer les notes de la classe E. En effet, ceux de ses élèves qui parviendront à se classer parmi les 50 meilleurs de leur année auront la possibilité de quitter la classe dite des "épaves". Mais le proviseur ne l'entend pas de cette oreille.

Tous les élèves de Kunugigaoka s'apprêtent à partir en voyage scolaire à Kyoto, mais ceux de la classe E ne doivent néanmoins pas oublier leur mission première : assassiner le Pr Koro. Ils vont néanmoins devoir compter avec les élèves d'un autre lycée qui attendent de leur tomber dessus.

Le voyage à Kyoto de la classe E se déroule on ne peut mieux, si ce n'est qu'un sniper a été chargé d'éliminer le Pr Koro en se postant aux lieux choisis par ses élèves. Bien entendu, la tâche va se révéler ardue pour le tireur d'élite.

La classe E revient de son voyage scolaire et peut reprendre enfin sa vie "normale", mais c'est sans compter sur l'arrivée d'une nouvelle élève. Si tous comprennent qu'il s'agit d'une tueuse professionnelle, aucun ne se doute de la surprise qui les attend.

Irina Poufanovitch continue d'enseigner l'anglais aux élèves de la classe E avec ses méthodes assez peu conventionnelles. Mais rapidement, son rôle est remis en cause par Lovro, le tueur croate qui l'a formée. Elle va devoir montrer qu'elle a encore toute sa place au sein de l'établissement.

Un grand événement se prépare dans la classe E de Kunugigaoka : l'arrivée d'un nouvel élève. Tout le monde comprend qu'il s'agit encore d'un assassin, mais aucun, pas même le Pr Koro, ne se doute du choc qui les attend.

Le tournoi de jeux de balle de Kunugigaoka approche. C'est là que Sugino croise ses anciens camarades du club de base-ball, et notamment son capitaine Shindô, qui le provoque et promet de lui infliger une leçon durant le tournoi. Mais le Pr Koro est bien décidé à ce que sa classe gagne.

Une surprise attend les élèves de la classe E : Tadaomi Karasuma, leur instructeur attitré, est démis de ses fonctions au profit d'un de ses anciens camarades de l'armée, Akira Takaoka. Celui-ci paraît débonnaire et très proche des élèves, mais cela cache peut-être quelque chose.

La chaleur estivale accable les élèves de la classe E, mais le professeur Koro leur a préparé une belle surprise : il a aménagé dans la nature une piscine géante... qui sera l'occasion de découvrir un nouveau de ses points faibles.

Les examens trimestriels approchent à grands pas au collège de Kunugigaoka. Koro va motiver ses élèves en offrant à chacun de ceux qui auront réussi à finir premiers dans une matière de lui détruire un tentacule. Les enjeux vont s'alourdir quand des élèves de la classe A vont proposer un défi à la classe E.

Tous les élèves de la classe E ont révisé pour les examens de fin de trimestre. Les enjeux sont doubles: gagner la possibilité de détruire ses tentacules au Pr Koro, et remporter le défi imposé par la classe A.

Les vacances d'été ont enfin commencé et les élèves de la classe E vont maintenant pouvoir profiter de leur victoire durant les derniers examens trimestriels : ils auront droit à un séjour de trois jours sur une île paradisiaque d'Okinawa tandis que le Pr Koro devra les laisser lui détruire sept tentacules.

Les élèves de la classe E lancent l'opération qu'ils ont minutieusement préparée : humiliation, affaiblissement par l'eau et destruction de ses tentacules ne sont que le prélude de ce qui attend le Pr Koro. Cette fois, les élèves semblent avoir paré à toutes les éventualités.

Les élèves de la classe E sont prêts à prendre d'assaut l'hôtel où les criminels qui les ont empoisonnés gardent leur antidote, mais ils vont devoir grimper une falaise et faire face aux nombreux gardes en patrouille.

Karma semble avoir tiré les leçons de son échec aux derniers examens et il cesse de prendre de haut ses adversaires. C'est face à un tueur professionnel qu'il va engager un duel, mais celui-ci se montrera-t-il aussi fair-play que lui ?

Les élèves de la classe sont coincés dans la salle de concert où ils doivent maintenant faire face au troisième et dernier assassin engagé par l'homme qui a empoisonné leurs camarades. La pression est grande, car Chiba et Hayami vont pour la première fois devoir tirer à balles réelles.

Nagisa fait face à Takaoka sur l'héliport de l'hôtel. Ce dernier interdit à quiconque de les rejoindre en menaçant de détruire les dernières ampoules d'antidote qu'il détient. Aucun de ses camarades ne pourra venir aider Nagisa. Il est seul, mais bien décidé à tuer son adversaire.