Après les découvertes de Jonas Quinn qui pense avoir localisé la cité perdue des Anciens, le SG-1 part explorer cette planète. Sur place, l'équipe trouve Daniel Jackson, amnésique, découvert il y a peu par les habitants de la planète... Pendant ce temps, Anubis devient de plus en plus puissant. Jonas, Daniel et Carter élaborent un plan pour l'affaiblir...

Alors que Jonas et Daniel sont piégés sur le vaisseau d'Anubis, ce dernier attaque Kelowna pour s'emparer du Naquadria. Sur Terre, SG-1 tente de convaincre le Seigneur Yu de se joindre à eux pour contrecarrer les plans d'Anubis.

Un adolescent a tenté de pénétrer dans le SG-C avec la carte d'accès du Colonel O'Neill. Il est arrêté par la sécurité et, lors de l'interrogatoire, il prétend être Jack O'Neill. Il se serait réveillé avec 30 ans de moins. Pour convaincre Hammond et les autres, il leur donne des détails concernant le projet Stargate et les précédentes missions qu'ils ont faites...

Bra'tac et Rya'c ont été faits prisonniers dans un camp de la mort sur Erebus. Lorsque ce souvenir revient dans la mémoire de Daniel, SG-1 décide de partir en mission de sauvetage afin de les délivrer...

SG-1 explore une planète où la population s'est réfugiée sous un dôme pour échapper à l'atmosphère toxique. Un ordinateur central contrôle toute la ville, et les habitants y sont reliés par un implant afin de consulter diverses informations. Mais l'équipe se rend vite compte du comportement parfois étrange des habitants, sujets à d'étonnants trous de mémoire...

Sur la planète où ils viennent d'arriver, le SG-1 explore un vaisseau qui semble s'être écrasé. À l'intérieur, ils y découvrent des centaines de personnes conservées dans un sommeil cryogénique. Séparés pour parcourir l'appareil, les SG-1 perdent conscience au même moment…

Quand les tentatives terriennes d'exploitation d'une nouvelle mine de Naqahdah sont contrecarrées par la tribu locale de Unas, le SG-1 décide de faire appel à Chaka pour trouver une solution.

Warrick Finn, un ancien allié, propose à Carter de participer à une course spatiale technologique en échange d'un partenariat. Sam saisit l'occasion pour améliorer le vaisseau de son ami et percer les secrets scientifiques de cette compétition.

Un scientifique du SG-C met au point un virus informatique rendant une Porte des étoiles ennemie inopérante. Cependant, d'autres Portes tombent en panne dans la galaxie et le virus devient incontrôlable en se propageant à travers le réseau de Portes.

SG-1 découvre une tribu de femmes Jaffa vivant comme les amazones. Ces dernières survivent en volant les symbiotes Goa'uld des Jaffa ennemis. SG-1 essaye de changer les mentalités en leur proposant d'utiliser la trétonine au lieu d'avoir à tuer pour survivre.

Bra'tac et Teal'c arrivent sur les lieux d'un combat où les Jaffa ont été tués par un super soldat. De son côté, Daniel part au Honduras à la recherche d'un artefact antique pouvant expliquer le secret de la jeunesse éternelle de ce soldat et, potentiellement, fournir une arme efficace.

Alors que Daniel est retenu au Honduras par des rebelles, O'Neill part à son secours. Pendant ce temps, SG-1 infiltre la planète Tartarus pour en apprendre davantage sur les super soldats d'Anubis et tenter de stopper leur fabrication.

Carter doit profiter d'une mission du Prométhée pour observer un nuage spatial. C'est alors qu'un vaisseau alien non identifié attaque. Dans la fuite et sous les tirs du vaisseau, Carter perd connaissance. A son réveil, le Prométhée est bloqué dans le nuage, tout l'équipage a disparu, et elle est victime d'hallucinations...

Jonas revient demander de l'aide : un immense gisement de Naquadria découvert sur Kelowna pourrait entraîner une explosion cataclysmique. Le SG-1 collabore avec les scientifiques locaux pour empêcher la destruction de la planète.

Osiris tente d'extraire des informations à Daniel via ses rêves. Pendant ce temps, Samantha Carter débute une relation avec Pete, un policier. Mais ses obligations secrètes compliquent leur rapprochement, alors que SG-1 prépare un piège contre Osiris.

L'alliance entre Tok'ra, Jaffas et Terriens vacille, et le site Alpha est attaqué. En fuite, Carter teste une arme expérimentale destinée à contrer les super soldats d'Anubis, tandis que l'équipe tente de rétablir les liens brisés de l'union.

À l'occasion de la millième traversée de la Porte des étoiles, l'armée a chargé Emmett Bregman de réaliser un reportage sur la base. Lors des interviews de l'équipe, Bregman ne parvient pas à obtenir des informations percutantes. D'autre part, SG-13 part en mission et découvre des ruines Anciennes, mais un étrange robot les attaque.

L'équipe de tournage continue de faire son reportage sur les activités du SG-C. Pendant ce temps, les renforts sont arrivés sur la planète où une équipe SG a rencontré une sonde Goa'uld et les combats sont rudes contre les Jaffas en présence. Dans la bataille, O'Neill est touché ainsi que plusieurs autres soldats...

SG-1 enquête dans un laboratoire secret où une jeune femme hybride, dotée d'une double personnalité humaine et Goa'uld, a survécu à un massacre. L'équipe doit déterminer si elle est une menace ou une victime manipulée par le NID.

Le nouveau président des États-Unis apprend l'existence de la Porte des étoiles et se retrouve en pleine lutte de pouvoir entre l'armée, qui veut conserver le contrôle de la porte, et son vice-président, Robert Kinsey, qui veut les en déposséder par tous les moyens.

Kinsey se débrouille pour faire muter le général Hammond et met le docteur Elizabeth Weir à sa place à la tête du SG-C. Parallèlement, une nouvelle banque des données des Anciens est trouvée mais O'Neill préfère renouveler la douloureuse expérience de la transférer dans son esprit plutôt que de l'abandonner à l'armée d'Anubis.

Le cerveau d'O'Neill est progressivement envahi par les connaissances des Anciens. Grâce à ses talents de traducteur, Daniel Jackson parvient à comprendre le comportement du colonel et à découvrir les coordonnées de la cité perdue.