Stargate Atlantis

Holdet reddes med ankomsten af oberst Steven Caldwell, Daedalus, og ødelæggelsen af de to wraith-skibe, der nærmer sig. McKay håber, at nulpunktsmodulet er nøglen til succes, mens Ford virker ved siden af sig selv efter en ulykke.

Sheppard fatter mistanke, da mærkelige driftsfejl opstår, efter holdet vender tilbage fra Jorden. Holdet opdager, at Daedalus er blevet inficeret med en wraith-virus, hvilket får skibet til at gå i overlevelsestilstand.

Eftersøgningen efter løjtnant Ford fører Sheppard og Teyla til planeten P3M-736, hvor de tages til fange af Ronon Dex, en mand på flugt, som bliver jagtet af wraitherne. Holdet tilbyder at hjælpe Ronon med at kæmpe mod wraitherne igen.

På planeten Thenora bliver holdet chokeret, da McKay og flådeofficer Laura Cadman pludselig bliver ført ombord på et wraith-skib. Da holdet skyder skibet ned, opdager de, at en teknisk fejl har overført Cadmans bevidsthed til McKays krop.

Holdet opdager en planet, der straffer alle forbrydelser grusomt; de placeres nær Stargate for at blive taget af wraitherne. Dette viser sig at være for effektivt og tvinger samfundet til at fængsle uskyldige mennesker for at behage wraitherne.

Holdet finder resterne af et eksperiment, de gamle var i gang med for at skabe den ultimative kraftgenerator, og McKay tror, han kan færdiggøre, hvad de gamle påbegyndte. Teyla og Ronon opdager, at Ronon ikke er den sidste af sin slags.

Beckett eksperimenterer med en ny behandling, der forvandler wraither til mennesker. Holdet finder en ung wraith-pige, som kunne være Becketts første patient. Da pigen er blevet opdraget af et menneske, er hun overmodig og ivrig efter at prøve alt.

Efter at have modtaget Becketts wraith-behandling er Sheppards liv i fare, da han langsomt forvandles til en iratus-insekthybrid. Holdet haster afsted for at finde en kur og omgøre bivirkningerne, men det hele kan afhænge af Sheppard.

Sheppard (Joe Flanigan) og holdet opdager et gammelt krigsskib kaldet Aurora. Sheppard går ombord via et virtuelt miljø i håb om at få værdifulde informationer fra de gamle.

Holdet bliver kidnappet af ingen ringere end løjtnant Aiden Ford, som har samlet sit eget hold af supersoldater, der har taget wraith-enzymet. Fords hold har planer om at ødelægge et kubeskib for at bevise, hvor fantastisk og kraftfuldt enzymet er.

Holdet bliver taget som gidsler af wraitherne, da et forsøg på at ødelægge kuben mislykkes. Sheppard ender foran wraith-dronningen, som kræver svar. McKay vender tilbage til Atlantis i håb om at overtale vagterne til at hjælpe med at redde holdet.

Holdet opdager en anordning skabt af de gamle, der uden varsel suger Sheppard ind. Mens holdet kæmper for at befri ham fra det mærkelige sted, han er fanget, opdager McKay, at tiden går anderledes derinde.

Holdet må forpurre goa'uldernes planer om at ødelægge Atlantis, efter generalmajor Landry informerer dem om, at der er placeret en bombe, som detoneres, næste gang holdet rejser til Jorden. I mellemtiden er to wraith-skibe på vej mod Atlantis.

Mens de afprøver en nyligt repareret pytspringer, mister McKay og kaptajn Hugh Griffin kontrollen over skibet og styrter ned i havet. Mens springeren langsomt synker mod havets bund, ofrer Griffin sig selv for at redde McKay.

Sheppard og holdet opdager en verden med teknologi skabt af de gamle. Men planetens kongefamilie tillader ikke andre at udnytte teknologien og behandler landsbyboerne uværdigt.

Holdet opdager to livskapsler, der svæver rundt i rummet. Under yderligere undersøgelser overfører holdet ved et uheld individernes sind til Sheppard og Weir. Det bliver endnu værre, da holdet opdager, at de to personer er ude på at dræbe hinanden.

Oberstløjtnant Sheppards hold bliver hastetilkaldt til det sted, hvor major Lornes hold er blevet angrebet. Da Sheppard og hans enhed ankommer, finder de dog kun en udbrændt bygning med forkullede lig: formodentlig Lorne og hans mænd.

Oberst Kenmore vågner op uden hukommelse. Han mistænker, at noget er galt, da hans mareridt om at være en wraith synes mere end virkelige. Frygten ville være ubegrundet, hvis det ikke var for det serum, der forvandler wraither til mennesker.

Sheppard og holdet besøger planeten Taranis på invitation fra to ledende borgere, dr. Norina Pero og kansler Lycus, som vil have McKay til at reparere en defekt skjoldgenerator på en af de gamles baser og et gammelt krigsskib, de har fundet.

Kenmore vender tilbage til Atlantis med en gruppe wraither midt i en borgerkrig. I håb om at udnytte sin viden om Atlantis mod Sheppard og holdet, foreslår Kenmore en byttehandel; Becketts serum i bytte for at holde Atlantis skjult.