The X-Files

Après un terrible cauchemar dans lequel elle a rêvé de Mulder, Scully rejoint les bureaux du FBI. A son arrivée, des agents sont en train de fouiller le bureau de son partenaire. Kersh, qui vient d'être promu directeur, a lancé une véritable chasse à l'homme pour retrouver Mulder.

Alors que Doggett tient en joue Mulder, celui-ci se jette volontairement dans le vide du haut d'une falaise. Mais en s'écrasant sur le sol, le corps de Mulder disparaît. Pour Scully, ce n'était pas Mulder mais une personne capable de se transformer en quelqu'un d'autre.

Une série de meurtres étranges vient d'avoir lieu dans une petite ville de l'Idaho, et Scully et Doggett s'y rendent pour mener leur première enquête. Il semblerait qu'une créature, mi-humaine, se jette sur ses victimes qui succombent ensuite à leurs morsures...

Dans la région désertique de Juab County, dans l'Utah, un auto-stoppeur monte à bord d'un bus. Mais le bus s'arrête et tous les passagers en descendent. Alors qu'il les suit, marchant dans le désert, Hank assiste à une scène d'horreur : plusieurs passagers du bus s'en prennent à un jeune handicapé et le battent à mort.

En 1990, un petit garçon de dix ans, Billy, disparaît alors qu'il jouait dans l'aire de jeux de son école. Dix ans plus tard, sa mère a eu un autre petit garçon, Josh. Un jour, en allant le chercher à l'école, elle est frappée de stupeur en trouvant Billy à l'endroit exact où il avait disparu. Le plus étrange est que le garçon n'a pas vieilli...

Martin Wells se réveille en prison, avec quelques blessures sur son visage. Alors qu'il est transporté en camionette, il y reconnait son beau-père. En un instant, celui-ci sort son revolver et lui tire dessus. Peu de temps avant de rendre son dernier souffle, Martin regarde la montre de l'agent Scully et remarque que les aiguilles s'arrêtent, et se mettent à tourner à l'envers...

Doggett et Skinner enquêtent à Pittsburgh, où un massacre a eu lieu. La maison renfermait une secte mise sous surveillance dans le cadre d'une affaire de trafic de drogue. Vingt membres du culte religieux sont retrouvés morts, tous tués d'une blessure au front. Cependant, leur gourou a disparu...

Un homme est retrouvé dans une poste de police la tête explosée. Le lendemain matin Scully examine la cellule aux rayons x et détermine que le coup qui l'a abattu venait de deux étages plus haut. Comment le tueur a pu réussir un coup aussi chanceux ?

Nora Pearce a perdu son mari, Ray, pendant la guerre du Golfe. Elle pense qu'il est mort des suites d'une exposition à un produit chimique inconnu et se confie à Curtis Delario, un ami de son défunt époux. Mais, lorsque ce dernier rentre chez lui en voiture, il a une apparition de Ray debout au milieu de la route...

De retour d'un voyage en Inde, un américain, Hugh Potocki, est retrouvé mort dans une chambre d'hôtel aux Etats-Unis. Sur place, Scully et Doggett enquêtent et remarquent l'empreinte d'un doigt minuscule près d'une flaque de sang. Le plus étrange réside dans l'autopsie pratiquée par Scully : celle-ci révèle que le décès remonte entre 24 et 36h, certifiant que Potocki est mort en Inde..

Doggett en Pennsylvanie afin d'enquêter sur un rapport déclarant que Mulder a été aperçu chez Paul et Marie Hangemuhl. Quelques mois plus tôt, Mulder avait interrogé Marie dans sur une affaire. Dans la maison des Hangemuhl, Doggett découvre trois impacts de balles replâtrés dans les murs. Curieuse coïncidence : il trouve un revolver dans lequel il manque trois balles dans l'appartement

Dans le métro de Boston, dans le Massachusetts, un policier en civil tente d'appréhender un gangster. Tous deux se retrouvent face à face, seuls à bord du métro en marche. Mais soudain, le train fait une halte inopinée, en proie à une panne de courant. Plus tard, le policier est retrouvé mort, le corps lacéré à certains endroits...

Au FBI, Scully rencontre Duffy Haskell qui prétend que sa femme ,victime de nombreux enlèvements par les extraterrestres, a été assassinée par les médecins après avoir accouché d'un enfant probablement d'origine extraterrestre. Il semblerait que Kath ait vécu la même histoire que Scully : elle a également contracté un cancer, puis a été guérie...

Dans la région isolée d'Helena, Richie Szalay remarque un OVNI et tente de le suivre en voiture. C'est alors que l'OVNI dépose une personne à terre avant de disparaître. Témoin de la scène, Richie découvre une femme nue, qui se révèle être Teresa Hoese, une femme enlevée la nuit précédant la disparition de Mulder...

Dogett est relevé de ses fonctions au sein des X-Files, trois mois à peine après l'enterrement de Mulder. Mais ce qui est arrivé à Mulder est remis en cause par la découverte du corps de Billy Miles, en état de décomposition...

Un homme entre dans la Maison Blanche et se fait mystérieusement tirer dessus doit avertir le Président que les extra-terrestres vont envahir les Etats-Unis et après avoir remis une disquette portant la mention : "combattre le futur"... Mulder se lance dans l'enquête. Il découvre que la mention portée sur la disquette est un code...

À la Nouvelle Orléans, Jeb Dukes est témoin d'un accident de voiture. Un homme en flamme descend d'une voiture très calmement et se dirige vers Jeb, puis disparaît, comme absorbé par le corps de Jeb. Mais quelques heures plus tard, Jeb se rend armé d'un revolver dans le bâtiment où il travaille, tire sur son supérieur et sur la responsable des ressources humaines...

Une plate-forme pétrolière dans le Nouveau Mexique est la cible d'une série de meurtres. Mulder ayant été démis de ses fonctions, c'est Dogett que Kersh envoie sur les lieux afin d'enquêter. Mais Dogett réalise très vite que Mulder s'est déjà lancé dans l'affaire.

Scully est en congé maternité. Mulder ayant été officiellement démis de ses fonctions, et Dogett se voit attribuer un nouveau partenaire : l'agent Leyla Harrison, une ancienne du service comptable. Ils enquêtent sur un meurtre dont le suspect pourrait bien être une créature d'origine paranormale...

La mère de Scully souhaite engager une nurse avant l'arrivée du bébé. Mais celle qu'elle a choisie a un comportement bien étrange. Pendant ce temps, Billy Miles, l'adolescent qui avait été enlevé à la même période que Mulder, s'attaque à un laboratoire spécialisé en recherche génétique.

Monica Reyes est chargée de protéger Scully et le bébé à naître. Elle l'emmène se cacher dans une ville fantôme. Mulder, Dogett et Skinner se demandent bien pourquoi Billy Miles chercherait à récupérer le bébé de Scully...