ネクトン一家の深海探検

ネクトン一家の父・ウィリアムは、ドラゴンの情報を示す新しい地図を研究する。そして、伝説のドラゴンを探しに行く一家。目的地に着く寸前、ロボットに乗って謎の船に近づくアントだが、突然襲撃に遭う。

ネクトン一家は古代の記号を解こうと試みる。謎の情報屋・ドロスに翻訳してもらうため、彼らは水上にある闇の市に向かう。しかしそこで、宝物を狙うダークオルカ号の海賊たちに追われ、行く手を阻まれる。

ネクトン一家の潜水艦・アロナックスに、新たに発明された人工知能・エイミーが取り付けられた。そんな中、一家は世界海洋機関の指揮官からカヤック選手が海上で遭難したという知らせを受け、彼女の救出に向かう。

貨物を世界で一番深い海溝に落とした船長から助けを求められたネクトン一家。さらに、紛失したのはグリーンエネルギーの発展にとって役に立つものだった。

エイリアンについての真実は海にあると信じるアント。そしてネクトン一家は、ドラゴントライアングルの近くに奇妙なものを見つける。それを見たアントは、エイリアンだと疑い、とある資料を好奇心満々で皆に見せる。

ウィリアムの友人・ボブと彼の娘・ジェスは、世界に1匹しかいないと思われるカメをもう1匹見つけた。そのカメをネクトン一家に見せに訪れるが、カメは盗まれてしまう。一家は、絶滅寸前のカメの捜索に乗り出す。

ダークオルカ号の船長・ハンマーヘッドに騙され、アロナックスから出たネクトン一家。アントとフォンテインは、人質として捕まってしまう。やがて、ダークオルカ号が沈み始める。

化石を探し続けるアグネスは、全く新種の恐竜を見つける。しかし彼女は、地盤がゆるいため、地形をきちんと把握できないことに困っていた。ネクトン一家は、彼女に力を貸し、化石を探すため海中の洞窟に入る。

謎の老人2人は、ネクトン一家の能力について言い合う。結果、古代のGPS装置・エフェミクロンで彼らを試すことになる。それを使えば、探し続けてきたレムリアの居場所が分かると考えた一家は、冒険の旅に出る。

希少なダイオウイカを探すため海中へと出たアントとフォンテインは、大きいマッコウクジラの尾ヒレに煽られて潜水艇の制御を失う。両親が彼らを救うが、やがて潜水艦は何かに追われ始める。

巨大な海洋生物が写っている映像をネットに流してしまったアント。一方、動画を見たモンスターハンターは、その希少な生物を捕まえに行く。一家は、彼の手から海洋生物を守らねばならなくなる。

海中で木製の潜水艦を目撃したアントは、それが幽霊だと思ってしまう。後に、潜水艦をめぐる真実と運命の巡り合わせが明らかになる。

世界最大の滝は海にあることを知ったネクトン一家は、その滝の裏にある謎のトンネルを探しに行く。しかし激しい潮流に呑み込まれてしまう。そして滝の底へと落ちてしまった彼らを、未知の体験が待ち受けていた。

素早い魚に驚くウィリアムの友人は、そのことを彼に伝える。それは人魚ではないかと考えるアント。その頃、突如姿を現したネリウスは、彼らにある伝説を語る。話を聞いた一家は、謎の穴に足を踏み入れる。

ドロスから伝説の宝のありかを示す地図を入手したネクトン家だが、その地図には呪いが記されていた。さらに、ドロスは同じ地図をダークオルカ号の海賊たちにも売っていた。そしてネクトン一家と海賊の戦いが始まる。

8歳のキッズ・ネクトン・ファンクラブの子供たちが、アロナックス号の1日体験に訪れる。子供たちの世話に自信を持っていたアントとフォンテインだが、好奇心旺盛な子供たちに予想以上に手を焼く。

沈没船で貴重な美術品を引き上げる仕事をする中、ネクトン一家は美術品泥棒の疑いで逮捕される。さらに、捜査が終わるまで潜水艦は拘留される。身の潔白を証明するため、アントとフォンテインは潜水艦から抜け出す。

形成中の海底火山の近くに、初めて見る大きな貝を見つけネクトン一家。水温は日々上昇しており、貝のような軟体動物は生存が難しくなると思われた。一家は、大きな貝の保護作業を進める。

深海記に記載されている「レムリアの針」についてネリウスに相談するネクトン一家。その頃、謎の守り人・プロデウスがやってくる。ネリウスの友人だと自称する彼は、レムリアの針の探索を手伝うと言い出す。

ジェフリーは、神秘的な歌声に引きつけられる。干潮が近づき、ジェフリーをアロナックス号に連れ帰るが、いつもと違う彼の様子を疑い始めるアント。一方、デビルも神秘的な歌声の存在を知り、謎の生物を追い始める。

ドロスから「不運を呼ぶ魚」は船を沈没させるという言い伝えを聞いたアントとウィリアム。ドロスは紀元前に宝を積んだ船が沈没したという場所へと向かうが、彼の船は難破してしまう。

世界海洋機関の司令官は、共通点のない海洋生物が群れになる状況についてケーコに相談。その話を聞いたネクトン一家は、調査を請け負う。そして真実を探し始める彼らの目の前に、謎の生き物が現れる。

フォンテインはある謎の声を聞く。その声が原因で、近くにいたイルカは怯えて逃げてしまう。ネクトン一家は集まり、声の正体を突き止めようとする。そしてついに、謎の生き物の正体を明らかにする。

台湾の近くで発光バクテリアが大量発生している状況に違和感を抱くケーコ。海中を調べると、魚が姿を消す謎の現象に遭遇する。ネクトン一家は、その謎を追う。