ＦＢＩ：Ｍｏｓｔ Ｗａｎｔｅｄ～指名手配特捜班～

ＮＹで女性２人が殺された事件には、権力を持つ無数の男性たちが絡んでいた。ＦＢＩは海外にまで手を広げる犯罪組織の危険なリーダーを追う。第３シーズンの幕を開ける第１話であり、３つのドラマをつなぐクロスオーバーエピソードの第２部。

逃亡者特捜班の新メンバー、クリスティン・ゲインズがジェスのチームに加わる。彼らは１月６日の議事堂襲撃事件に関わった危険な逃亡者を見つけるためにＤＣへ向かう。

未成年に厳しい判決を下すことで知られる判事が殺害され、チームは犯人を追うべく、判事が関わった大量の裁判資料を調べる。一方、クリスティンは10代の娘と共にＮＹ市に転居してくるが、そこで家族との問題に直面する。

拉致された若い中国系アメリカ人女性を発見するために、チームは拉致が無差別な憎悪犯罪なのか、それとも彼女が狙われた犯罪なのかを判断しなければならない。一方、ジェスとサラは何かと反抗的なタリに苦労する。

ボウリング場の火災で死傷者が出る。チームが事件を調べると、その火災は巧妙に計画された復讐の序章であり、被害者の１人を狙ったものだったことが判明する。一方、チームに復帰したハナは、自分の人生を見直すことになる。

チームは、家族絶滅者が殺人を重ねる前に追い詰めようとする。一方、バーンズのお節介な母親は、彼女の結婚生活にプレッシャーをかける。

チームはプロバスケットボール選手の妻である有名なカリスマ主婦が殺された事件を捜査する。一方、クリスティンは元夫との距離が縮まり、主任特別捜査官イゾベル・カスティーユ（「ＦＢＩ：特別捜査班」シリーズの出演者アラナ・デ・ラ・ガーザ）は世間の注目を集める事件に取り組むチームの様子を見に現れる。

ケンタッキー州の貴重な競走馬が盗まれ、厩務員助手が人質に取られる。チームはすぐに、馬よりも人質の若い女性の安全を優先しているのは自分たちだけかもしれないと悟る。一方、ジェスの家族と一緒にクリスマス休暇を祝うため、バイロンが戻ってくる。

クリスマスのショッピング中、バーンズとジェスはモールで乱射事件に巻き込まれる。出口には爆弾が仕掛けられ、誰も脱出できない。ゲインズ、ハナ、オルティスはチームの仲間の家族がモール内で危機に瀕していることを知り、外から助けようと奮闘する。

チームはナパーム式爆弾で標的を攻撃している若者を追う。一方、タリが巣立ち、ジェスとサラは２人の生活に適応し始める。

逃亡者特捜班は、被害者を獲物に見立てて狩るという残虐なゲームを行う殺人犯を追う。一方、ハナは新たに同居人になったオルティスに、私的な話を打ち明ける。

チームはアメリカの刑務所から脱獄したコロンビアの悪名高い麻薬王を捜索する。一方、クリスティンは元夫に彼女の過去を打ち明け始める。

チームは殺人と横領の容疑で指名手配されているビジネスマンを捜索する。一方、ジェスは娘が巣立って寂しい気持ちを切り替え、サラをデートにエスコートする。

チームは、虐待する男から永久に逃げようとしている元恋人を捜し出すため、虐待加害者を必死に追う。一方、ジェスとサラは夢の休暇の計画を一緒に立てる。

チームは自分に見向きもしない女性たちを逆恨みして狙うインセル・コミュニティーの殺人犯を追跡する。バーンズ、ハナ、オルティス、クリスティンは、ジェスを失った悲しみを乗り越えようとする。

違法大麻を栽培する夫婦が従業員を虐殺したため、チームはバーモント州へ向かう。一方、バーンズは生まれたばかりの赤ん坊と絆を深めるための休暇を取らなかったことを後悔し始める。

チャーミングだが切れ者のレミー・スコット特別捜査官が新しいリーダーとして着任。チームはレミーの指揮で、禁じられた恋に身を投じた10代の娘と年上の恋人が起こす連続殺人事件を追う。

レミーとチームは、陸軍退役兵２人のアフガニスタンでの軍務に関連する連続殺人事件を捜査する。一方、ハナは実母について衝撃的な知らせを受け取る。

チームは証人保護下にある男性を殺した犯人を追うが、事件の裏に隠された秘密があったことを突き止める。一方、レミーは久しぶりに母親のベッツィに会い、思わぬ問題に驚かされる。

チームは、80年代に起きた悪名高いマフィアの殺しを再現する殺人犯を追う。

高級住宅地に住む裕福な夫婦が専属トレーナーに扮した女性詐欺師に殺害され、チームは犯人の正体を突き止めるべく追跡する。一方、オルティスはハナの弟に頼み事をされ、難しい状況に陥る。

第３シーズンの最終話では、追い詰められた状況から逃れるためにＮＹでテロを引き起こすオリガルヒをチームが追う。