Mason, Nadia și Bernard se ascund în toată Europa după evenimentele din sezonul 1. În timp ce Mason se luptă cu probleme de identitate, iar Nadia fuge împreună cu fiica sa de agenta Aparna, Bernard se aliază cu fostul agent CIA, Hutch, pentru a-l opri pe Paulo Braga. Când Nadia se confruntă cu Frank Sharpe, iese la iveală un secret.

Evadarea lui Abby declanșează o serie de evenimente mortale, în timp ce Mason se luptă cu asasinii organizației Manticore. Paulo și Joana își dezvoltă arma în timp ce îl urmăresc pe Mason. Bernard și Hutch se grăbesc să reunească echipa. După o confruntare violentă cu Nadia, Mason cere ajutorul unui vechi inamic și descoperă secretul întunecat al lui Bernard.

Pe măsură ce planul lui Paulo se accelerează, Mason și Nadia sunt forțați să formeze o alianță fragilă. Alături de Bernard, Hutch, Celine și Frank Sharpe, ei pornesc într-o misiune îndrăzneață pentru a descoperi identitatea unui hacker misterios, esențial pentru oprirea unei catastrofe globale.

După ce obțin adevărata identitate a lui Edison, echipa își îndreaptă atenția către o gală de mare anvergură, unde se așteaptă să apară ținta lor. Însă, pe măsură ce tensiunile dintre Mason și Nadia ating punctul critic și inamicii se apropie, o decizie imprudentă amenință să dea peste cap întreaga misiune.

Mason și Dahlia pun în mișcare un schimb de prizonieri cu miză uriașă pentru a negocia eliberarea lui Abby. Însă, pe măsură ce Mason începe să cedeze, planul riscă să eșueze, iar ambele părți se grăbesc să finalizeze schimbul, ceea ce duce la o revelație șocantă din partea lui Abby, care schimbă totul.

Pe măsură ce Joana accelerează planul de a-l asasina pe președintele Rusiei la summitul G8, Mason și Nadia o duc pe Abby într-un refugiu sigur din Scoția. Însă, când descoperă adevărul cutremurător despre ce i s-a făcut lui Abby, acest lucru declanșează un lanț devastator de evenimente.

Agenții Citadelei se grăbesc să împiedice planul Joanei de a-l asasina pe președintele Aronov la summitul G8, unde aceasta intenționează să preia controlul asupra sateliților ruși. Echipa trebuie să îndeplinească o misiune de infiltrare extrem de periculoasă și să facă față unor alegeri imposibile și mortale, într-o confruntare finală.