エリック・ヘラーは、ルーマニアの施設から危険をかいくぐって赤ん坊のハンナを救い出す。15年後、二人はポーランドの森の奥深くに暮らしている。エリックは、ハンナを厳しく訓練し、そのうえ教育にも熱心だった。ハンナはしだいに家から離れ冒険心を持ち始めるが、この出来事がハンナを生まれた時から狙っていたCIAエージェントのマリッサ・ウィーグラーの目に留まってしまう。

ハンナは、マリッサの部下に捕らえられるが、モロッコのCIA施設から脱出する。エリックと合流するためにベルリンに向かう途中、イギリス人の少女ソフィーと出会う。ソフィーは家族と一緒に旅行中で、ハンナに実世界と思春期のスリルを教えてくれる。ただそこにもマリッサと手下の脅威は迫っていた。

ハンナとエリックはベルリンで再会し、エリックの昔の仲間のもとに身を寄せる。そこでハンナはエリックの過去についてさらに知ることとなる。そしてソフィーと一緒に垣間見た普通の生活を切望し続け、エリックが課してくる制限にますますイライラするようになる。 一方エリックは仲間たちとともに近づいてくるマリッサへの攻撃準備を開始する。

エリックはマリッサを捕らえ、ハンナを安全にベルリンから逃亡させるよう交渉する。 その間ハンナは、ディーターの家に身を隠す。 エリックが何をしているのか知りたいと思っていたが、実はハンナ自身に出生の秘密があることを知る。 エリックの逃亡計画が決行され始めると、マリッサは協力せざるを得なくなる。

ハンナは、エリックと離れ離れになり、ロンドン郊外のソフィーのもとに身をひそめる。ソフィーは両親にはハンナのことを秘密にしていて、ハンナに学校のパーティーに出席するよう提案する。 その間エリックは、逃走中に生命を脅かすほどのケガを負い、仲間たちが必死に救おうとしていた。

ソフィーとハンナの関係は、2人の意中の相手アントンが原因で一変する。2人が言い争っている間に、マリッサはハンナの母親のふりをしてソフィーの家を訪問する。 ハンナは、ソフィーと彼女の家族を危険にさらすか、自由を諦めてマリッサと一緒に行くことのどちらかの選択を迫られる。 その間、捕らえられたエリックはソーヤーと彼の部下によって残酷に尋問される。

ハンナは真実以外には何も受け入れないと決心する。エリックはハンナをルーマニアに連れて帰り、ハンナが自分の過去についてもっと理解できるようにする。 一方マリッサは、ソーヤーがウトラックスについて真実を彼女に話していないことに気づき始める。

エリックがハンナにウトラックスについての真実を明らかにしたとき、ハンナはある行動を起こすことを決心する。 一方マリッサはソーヤーから施設で実際に何が起こっているのか聞き出そうとする。