엑스파일

더겟이 커쉬 부국장을 수사하는 데 어려움을 겪는 사이 요원들은 잠수 능력이 뛰어난 미인을 만난다.

더겟은 제2차 세계 대전 시대의 함선에서 행해지는 과학 실험과 관련있는 초능력의 여인을 파헤치려고 한다.

요원들은 정신병 환자와 엽기적인 악마적 살인 사건 사이의 고리를 찾으려고 애쓴다.

레이스는 더겟에게 치명상을 입힌 살인자가 평형 세계에서 왔을지도 모른다고 생각한다.

우스꽝스러운 묘기를 부리던 10대 소년이 머리가 함몰된 채 죽는다. 사인은 머릿속을 파먹는 파리로 밝혀지는데...

스컬리는 자신들의 아기도 윌리엄처럼 이상한 능력이 있다고 믿는 부부와 가까워진다. 한편 베일에 싸인 어떤 정보원이 은둔하고 있는 멀더를 찾자며 스컬리를 설득하는데...

더겟 요원은 부패하고 폭력이 난무한 멕시코의 한 도시에서 깨어나지만자신의 정체가 뭔지 아무런 기억이 없다.

100년 전, 살아있는 사람의 피부를 벗기는 끔찍한 연쇄 살인이 일어나고 레이스는 자신이 그 사건과 연관된 듯한 느낌을 받는다.

캐나다의 광신자들은 스컬리가 아프리카에서 발견한 것과 비슷한 우주선을 발굴하고 스컬리의 아들 윌리엄을 죽이려는 음모가 시작된다.

스컬리가 필사적으로 아들을 찾는 동안 광신자들은 그들이 신의 물질적 현존을 보여주는 집이라 믿는 우주선에 접근할 준비를 한다.

레이스 요원은 교통사고를 당하고 이승과 저승 중간에 갇힌다. 그녀가 살아날 유일한 방법은 그 두 세계를 연결하는 병원 직원의 도움뿐이다.

13년 전 더겟이 감옥에 보낸 살인자가 DNA 증거 덕분에 무죄로 풀려난다. 더겟은 그 살인자가 다시 범행하기 전에 감옥으로 돌려보내려고 애쓴다.

레이스는 숫자점으로 여러 여자의 살해 사건을 연결한다. 그런데 레이스와 스컬리는 범인일지도 모르는 신비한 체커 게임을 하는 남자와 함께 함정에 빠진다.

인간의 몸속에 숨어있는 이상한 생명체와 관련된 사건의 중심에 한 소년이 있다.

레이스와 더겟이 맡은 모리스 플레처와 슈퍼 군인이 연관된 사건에 외로운 총잡이들이 도움을 주기로 하고 그들은 이브 아델 할로우를 찾는 데 앞장선다.

끔찍한 상처가 있는 남자가 엑스파일 사무실에 침입했다가 잡힌다. 요원들은 그의 정체를 밝히려고 애쓰는데 더겟은 그가 폭스 멀더라고 믿는다.

사건 해결에 기묘한 본능을 가진 FBI 연수생 덕분에 더겟 아들의 미해결 살인 사건에 새로운 희망이 보인다.

이상한 연쇄 살인 사건이 어떤 집에 사는 남자와 연관이 있자 요원들은 그 연관성을 밝히려고 한다. 그런데 그 남자의 집은 TV 시리즈 ‘브래디 번치’에 나오는 집과 똑같이 생겼고 그곳에는 브래디 가족이 살고 있다.

미군은 멀더를 노울 로러의 살해 혐의로 재판에 세운다. 재판에서 정부의 음모와 외계 생물체의 존재를 주장하는 멀더를 지지하는 피고 측 증인들이 증언을 한다. 친구들의 도움으로 감옥에서 탈출한 멀더는 정부의 음모에 대한 진실을 밝히는 데 도움을 줄 사람을 찾아 나서는데…

멀더는 마운트 웨버 기지에 무단으로 접근하려다 슈퍼 군인을 살해한다. 체포된 멀더는 군사 재판에 넘겨지고 약물 주사 사형 선고를 받는다. 그러나 스키너, 더겟, 레이스가 멀더를 석방하고 스컬리와 함께 당장 미국을 떠나라고 조언하지만, 그는 진실을 찾는 것을 포기하고 싶지 않다.