Anført af den antropomorfiske rotte Splinter begiver de fire skildpaddehelte sig ud i New Yorks mørke gader for at bekæmpe den organiserede kriminalitet, der hærger byen. Underverdenen har en ny spiller i Splinters gamle nemesis Shredder, der ved hjælp af sin Fodklan har overtaget, og kun de fire ninjamutanter kan bremse deres fremfærd.
Anført af den antropomorfiske rotte Splinter begiver de fire skildpaddehelte sig ud i New Yorks mørke gader for at bekæmpe den organiserede kriminalitet, der hærger byen. Underverdenen har en ny spiller i Splinters gamle nemesis Shredder, der ved hjælp af sin Fodklan har overtaget, og kun de fire ninjamutanter kan bremse deres fremfærd.
