I seriens første afsnit støder Mason Kane og Nadia Sinh – topagenter fra spionorganisationen Citadel – sammen med et nyt syndikat – Manticore – hvilket bliver katastrofalt. Otte år senere lever Mason Kane et roligt liv som "Kyle Conroy", uden erindring om sin fortid. Indtil en dag, hvor en gammel kollega beder ham om hjælp til at forhindre det nu magtfulde Manticore i at skabe en ny verdensorden.

Kyle og Bernard rejser til New York City for at stjæle Citadels X-kasse fra Manticores hovedkvarter, før det er for sent. Senere finder Kyle ud af, at en skikkelse fra hans fortid stadig er i live, og han risikerer alt for at finde dem.

Da Kyle og Nadia tager ophold i gammelt safehouse, bobler små spor om deres tidligere liv sammen op til overfladen. Snart opdager de, at en tidligere allieret, der kan være nøglen til at stoppe Manticore, er fængslet i et anlæg i Marokko. For at redde ham skal de først have hjælp af en lokal forbryderkonge. Men deres mission kompromitteres, da hemmeligheder fra fortiden bliver afsløret.

Efter den chokerende afsløring af Abbys tidligere identitet, lærer vi om fortidens forbindelse mellem Mason, Nadia og Celeste og en forfærdelig beslutning, der stadig giver genlyd i dag. I mellemtiden lander Nadia og Kyle på Manticore-anlægget i Marokko og sætter livet på spil for at befri deres kollega. Men deres heltemodtagelse er kortvarig, da de stilles over for alvorlige anklager.

Nadia, Kyle og Carter er tvunget til at arbejde sammen for at flygte fra Manticore og beskytte X-kassen, men mistanken om en af vores helte når kogepunktet, hvilket fører til et eksplosivt opgør.

I den storslåede sæsonafslutning, hvor en af deres egne bliver holdt som gidsel af Manticore, risikerer Kyle, Nadia og Carter alt for at redde dem og forpurre Manticores planer om at anskaffe sig atomvåben. Mens vores helte kæmper mod atomtruslen, afsløres Citadels muldvarps identitet, ligesom den forfærdelige sandhed, at alt, de ved, er løgn.