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Después de pasar su primer año de preparatoria tranquilos, Haruka y Makoto se encuentran con Nagisa, un estudiante nuevo que era miembro del club de natación junto a ellos cuando eran pequeños. Ese club de natación será derribado, entonces los tres se escabullen para buscar una cápsula de tiempo que habían enterrado allí, y es cuando se reúnen con Rin el cuarto miembro de su grupo que se habí...

Makoto y Nagisa contienen el aliento mientras ven a Haruka y Rin en una intensa carrera. Sin embargo, se dan cuenta que al parecer Rin ha cambiado. Al mismo tiempo, Nagisa se prepara para iniciar un nuevo club con ayuda de la hermana de Rin, Gou.

El club de natación Iwatobi necesita un miembro más para poder participar en los relevos. Nagisa ha puesto los ojos en su compañero de clases, Rei. A pesar de que Rei se réhúsa a unirse, Nagisa está empeñado en reclutarlo.

Rei intenta aprender a nadar y se da cuenta que necesita un traje de baño nuevo. Deciden ir de compras para buscarle uno. Pero pronto se dará cuenta que ese no es su único problema.

Los chicos necesitan entrenar más y deciden ir a un campamento en mar abierto pero no tienen los recursos para ello. ¿Conseguirán los recursos? ¿Podrán asistir al campamento?

Los chicos deciden ir a un campamento, pero no es un campamento común. ¿Qué aventura nueva nos traerán?

Se acercan las prefecturales y Haruka y los otros miembros del club de natación continúan mejorando. Mientrastanto, Rin revela sus motivaciones para la natación. Los nadadores deben demostrar en el torneo lo que han logrado.

Haruka, Makoto, Nagisa y Rei nadan en sus eventos individuales. Rin se molesta mientras recuerda viéndolos nadar en la escuela. Después, los cuatro chicos del Club de Natación Iwatobi deben prepararse para la carrera de relevos.

Las finales han terminado y los miembros del Club de Natación Iwatobi están complacidos con el progreso que han logrado. Un festival local de verano les da una oportunidad para relajarse. Cuando Nagisa se da cuenta que Rin también está en el festival, le ordena a Rei que lo siga y se asegure de que Harua y Rin no se encuentren.

La entrenadora Sasabe comienza a entrenar al Club de Natación Iwatobi para el próximo torneo. Mientras, Rei no está contento con el hecho de ser el único que no sabe lo que sucedió en el pasado con Rin. Después de que Rin expresa su frustración, Haruka decide decirle lo que pasó cuando estaban en primaria.

Después de escuchar lo que sucedió en el pasado, Rei va a la Academia Samezuka a preguntarle a Rin qué es lo que quiere. La noche antes de que Iwatobi y Samezuka partieran para las regionales, Rin llamó a Rei para explicarle cómo se sentía respecto al relevo. Luego, Samezuka anuncia su alineación para el relevo.

Los chicos se dirigen al torneo, ven a Rin competir en el estilo libre y posteriormente sucederá algo totalmente inesperado.