Da Iori Kitahara flytter hjemmefra for at studere, beslutter han at bo i sin onkels dykkerbutik Grand Blue, der ligger på den japanske halvø Izu. Iori glæder sig til livet som studerende omgivet af brølende bølger, den skarpe sol og sin søde kusine, som bor sammen med ham! Iori støder på en gruppe seje fyre, der leger strip-sten-saks-papir, og ender med at blive medlem af universitets dykkerklub!