Le Tartarughe Ninja, grazie ad uno scettro magico, tornano indietro nel tempo nel Giappone del 1603. Qui tenteranno di salvare la giornalista April, anch'essa finita nel passato e ritenuta una strega. Ad interferire con il loro cammino, c'è il trafficante di armi Walker, che tenta di impossessarsi dello scettro, unico mezzo che le tartarughe hanno a disposizione per tornare a casa.
