Medan Hanna gömmer Clara i norra Rumäniens djupa skogar, överförs de återstående lärlingarna till utbildningsanläggningen Meadows där de får nya identiteter. Marissa hittar Clara genom att utge sig för att vara hennes mamma online och locka henne till ett hotell i Bukarest, där hon tillfångatas av Utrax. Hanna följer efter och återförenas med Marissa.

Marissa och Hanna återvänder till Paris, medan Clara är tillbaka på Meadows. Hennes rebelliska natur orsakar problem, och Terri får i uppgift att övertyga henne att åter gå med i programmet. I letandet efter Clara hittar Hanna läkemedelsföretaget bakom Utrax medicinska implantat och utger sig för att vara testperson åt dem. Väl där hon upptäcker att drogerna är avsedda för lärlingarna på Meadows.

Hanna återvänder till Passway och följer Dumont och drogleveransen ut ur staden, medveten om att de kommer att leda henne till Meadows. Marissa upptäcker att Sonia är i Belgien, men lyckas nå Hanna precis i tid samtidigt som hon dödar Sonia. Hanna anländer till Meadows, redo att rädda Clara, men chockas över upptäckten att Terris planer på att integrera Clara verkar ha lyckats.

Marissa sluter upp med Hanna på Meadows och försäkrar henne om att hon är på hennes sida genom att ordna en flyktplan samma kväll. Hanna övertalar Clara att fly tillsammans med dem, men banden till Meadows är nu så starka att hon istället förråder Hanna, vilket ger Carmichael kontroll över situationen. Samtidigt når CIA-kollegan Mannion fram till Meadows, men Hanna eller Marissa syns inte till…

Marissa är inlåst på Meadows, medan Hanna uppmuntras att omfamna sin nya identitet som Mia Wolff. Men då måste hon ha kommit över Eriks död, vilket Terri försöker hjälpa till med. Marissa flyr och får Hanna att följa med, men de stoppas av Clara som skjuter Marissa och säger till Carmichael att Hanna gjorde det för att stoppa Marissa från att kidnappa henne. Hanna välkomnas tillbaka till Meadows.

Hanna och Jules skickas ut på ett första uppdrag - att döda en journalist i London som planerar att träffa en militäradvokat som vill avslöja Utrax hemligheter. Samtidigt flyger Sandy och Clara till Barcelona för att återfå bevisen. Hanna försöker backa ut och samarbetar med Mannion i ett försök att rädda Nicolas liv, men Jules och Leo ligger steget före. Konsekvenserna är katastrofala.

Hanna ärl Barcelona med avsikten att rädda Gelder och få Clara att lämna Utrax. Hanna berättar för Clara var hennes mor befinner sig, vilket gör henne osäker på planen att stanna med Utrax. Sandy, som låtsas vara vän med Gelders dotter Kat, blir rasande när Clara backar ur. Hon dödar Gelder medan Hanna och Clara flyr med Kat. Marissa får i uppdrag att hitta Hanna av Mannions kollega Grant.

Efter mordet på Gelder åker Carmichael till Barcelona, där Hanna, Clara och Kat gömmer sig i en lyxvilla. Hanna åker till hotellet och hämtar Gelders mållista, hjälpt av Marissa, som följer Carmichael till villan och tvingar honom att erkänna och namnge kollegor på Utrax. Clara ger sig av för att återförenas med sin mor, och Hanna ansluter sig till Marissa för att hjälpa till att bryta ner Utrax.