Stargate Atlantis

Da deres alliance med wraitherne giver bagslag, må holdet stoppe to wraith-skibe med kurs mod Jorden. Weir beordrer angreb, og Sheppard må stole på, at Michael hjælper ham med at redde McKay og Ronon, der holdes fanget.

Holdet bruger retrovirussen til at forvandle et helt wraith-skib til mennesker og vender tilbage til Atlantis med deres fanger i stasis. Weir fortsætter med at forsvare sit lederskab over for en uafhængig undersøgelse foretaget af IOA.

Holdet falder over en lille landsby med en æret leder. Beckett bliver så glad for sin vært, at han tager ham med til Atlantis. McKay opdager dog, at Lucius bruger et feromon til at fortrylle folk omkring sig.

Mens holdet udforsker en landsby, bliver de angrebet og taget til fange, da Ronon ubevidst har lokket wraitherne dertil. Landsbyboerne løslader Sheppard og Teyla, som mobiliserer en angrebsstyrke. Da de vender tilbage, er landsbyen ødelagt.

Dr. McKay opdager en henvisning til et af de gamles forladte teststeder. På stedet opdager holdet en enorm metropol, der huser millioner af gamle. Weir er ivrig efter at indgå en alliance og bliver chokeret, da deres leder, Oberoth, afslår.

Weir vågner op på et psykiatrisk hospital uden for Washington D.C. og er chokeret over at opdage, at hele hendes oplevelse i Atlantis de sidste to år var ren fantasi. Hun erfarer, at hun lider af psykotiske vrangforestillinger efter en bilulykke.

Holdet bliver tilkaldt til en planet og bliver overfaldet af Kolya, som har oprettet sin egen fraktion af geniier efter at være blevet tvunget ud af inderkredsen. Mens resten af holdet formår at flygte, bliver Sheppard taget til fange.

McKay bliver kaldt tilbage til Jorden for at overtale sin søster, Jeanine Miller, til at hjælpe luftvåbnet. McKay og Jeannie rejser til Atlantis og begynder eksperimentet, som i første omgang lykkes, indtil en McKay fra paralleluniverset dukker op.

Major Leonards hold forsømmer at tjekke ind med Atlantis under en mission. I håb om at finde major Leonard følger McKay energimålingerne og fører holdet ind i en hule, hvor de opdager, at årsagen til energistigningen er en wraith-generator.

De nu vågne gamle mødes med O'Neill og Woolsey og takker holdet for at passe på byen, men beder dem om at forlade Atlantis. Mens Ronon og Teyla bliver i Pegasusgalaksen, kæmper de andre for deres liv på Jorden.

O'Neill og Woolsey, de eneste overlevende efter replikatorernes blodige kup, gemmer sig i en forladt del af byen. Landry har fået ordre på at atombombe Atlantis, hvis et oprør skulle få fodfæste, så de holder lav profil og afventer deres skæbne.

Teyla ser syner af de gamle i nød og tror, at de er de gamles genfærd, der for nylig blev massakreret af replikatorerne. McKay tror, han har fundet den hval, der reddede ham for et år siden, da han var fanget under vandet i en pytspringer.

Holdet hører om en stor kriger, der både har besejret geniier og wraither, og opsøger ham i håb om en magtfuld, ny allieret. Men da de finder ud af, at denne store kriger er ingen ringere end Lucius, mistænker de, at han er ude på ballade igen.

McKay slukker alle ikke-kritiske systemer, som de gamle for nylig aktiverede, før de blev dræbt af replikatorerne, for at spare strøm og bliver ved en fejl ramt af en energistråle fra en mystisk enhed.

Lorne opdager en planet med snesevis af satellitter i kredsløb. Indbyggerne på planeten er dog ikke udviklet længere end til renæssancen og har et flag med McKays ansigt på. Holdet indser, at et spil, de fandt tidligere, måske er mere end et spil.

Mens McKay undersøger en forladt rumstation, bringer han ved en fejl en af dens videnskabsmænd ud af stasis. Han forklarer holdet, at basen var hans folks sidste forsøg på at undgå wraithernes gentagne forsøg på at udrydde dem.

Hele byen beordres til at holde en fridag, så holdet gør deres bedste for at slappe af og nyde deres fritid. Uden varsel rammer en mystisk eksplosion byen og dræber og sårer intetanende borgere.

Holdet gennemsøger havet efter en mobil geotermisk borestation, som de gamle efterlod. Teyla udforsker varsomt stationen og synes, hun fornemmer en wraith. Weir tror, at det er presset, der påvirker Teyla, og får holdet til at fortsætte.

Efter at have hjulpet med at flytte Tarananerne, indser Atlantis-holdet, at de ikke har hørt fra landsbyen længe. Det ser ud til, at tarananerne lige har forladt deres landsby, indtil McKay opdager livstegn langt under overfladen.

Holdet er chokeret, da en satellit, der huser en stargate, går i kredsløb over Atlantis. Da stargaten begynder at udsende en energistråle og angriber byen, følger McKay de gamles eksempel og lader Atlantis synke tilbage i havet.