Dans un Japon ravagé par une guerre de religion sans précédent, Mafuyu Oribe et sa cousine Tomo Yamanobe, élèves de la prestigieuse académie St-Mikhailov, croisent le chemin de l'énigmatique Aleksander « Sasha » Nikolaevich Her. Celui-ci se révèle être un Qwaser, un individu tirant sa puissance du Soma, une substance lui permettant de manipuler les éléments de la table périodique.
