La saison 3 commence immédiatement après le cliffhanger du dernier épisode de la saison 2, lorsque la Terre a été attaquée par une sonde Xindi : une arme massive qu'Archer et l'équipage de l'Enterprise doivent maintenant détruire.
La saison 3 commence immédiatement après le cliffhanger du dernier épisode de la saison 2, lorsque la Terre a été attaquée par une sonde Xindi : une arme massive qu'Archer et l'équipage de l'Enterprise doivent maintenant détruire.