Die Dunkelheit verbreitet sich in GOTHAM, als weitere Superschurken eingeführt und die Allianzen in Gotham City neu geordnet werden. Mit Detektiven Jim Gordon und Harvey Bullock an vorderster Front des Kampfs gegen das Verbrechen beginnt Gordons moralischer Kompass in der zweiten Staffel zu schwanken, als er sich den gefährlichsten Kriminellen von Gotham entgegen stellt.
