Depois de anos assumindo que a agente Emily Byrne do FBI foi uma vítima possível do assassino em série, Conrad Harlow, ela é milagrosamente devolvida à família. Emily, no entanto, tem que lutar com os mistérios de seu cativeiro e o fato de que todos seguiram com suas vidas sem ela.

O suposto assassino em série de Emily, Conrad Harlow, está sendo libertado da prisão, e Emily ainda não está perto de resolver o mistério de seu sequestro e o tempo que passou em cativeiro. À medida que Emily se esforça para voltar à vida normal, uma testemunha aparece e reforça as suspeitas contra Emily.

Quando a testemunha que testificará contra Emily é assassinada, todos os sinais sugerem que o assassinato foi cometido por Emily. Enquanto Tommy Gibbs e o chefe da polícia de Boston acusam Emily, ela e Nick procuram ao agente do FBI que forçou a testemunha a mentir. Para Emily, há suspeitas de que esse agente seja o responsável por seu sequestro.

A evidência contra Emily é muito séria para que o FBI e o Departamento de Polícia de Boston a ignorarem, e pedem que ela se entregue. No meio do caos, velhos sentimentos vêm à tona entre Nick e Emily. Emily decide que prefere fugir e tentar resolver o mistério que está arruinando sua vida.

A busca por Emily se intensifica quando um dos próprios agentes do FBI é encontrado morto, levando Nick a questionar tudo sobre Emily e sua volta.

Depois de escapar por pouco das autoridades, Emily volta a Boston para descobrir que a única pessoa que pode ajudá-la pode ser quem está tentando destruí-la.

Armada com novas informações sobre sua abdução, a investigação de Emily leva à sua infância – enquanto Nick encara uma outra tragédia.

Enquanto Emily chega perto de resolver o mistério de sua abdução, Nick está com tudo, buscando Alice e Flynn – será que sua investigação irá destruí-los?

Com Nick e Tommy em sua cola, Emy recebe uma informação crítica de Jack que a leva de volta a onde tudo começou.

O passado e presente de Emily colidem em um confronto climático – ela poderá salvar Alice e Flynn e finalmente provar sua inocência?