Lähtiessään opiskelemaan Iori Kitahara päättää asua setänsä Grand Blue -nimisessä sukelluskaupassa Izussa. Iori odottaa opiskelijaelämää aaltojen pauheessa, paahtavassa auringossa ja söpön serkkunsa kämppiksenä. Iori kuitenkin törmää ryhmään kivi, paperi ja sakset -säännöillä räsypokkaa pelaavia koviksia ja päätyy mukaan oppilaitoksen Peek-a-Boo-nimiseen sukelluskerhoon!