居住在宇宙殖民地的女高中生天手，偶然結識了從事走私的涅安，就此與非法回收商牽扯不清。而當來歷不明的MS紅色鋼彈即將被軍警捕捉之際，看不慣軍警暴行的天手，跳上了橫在眼前的最先進MS--GQuuuuuuX。

在一年戰爭打得如火如荼時，吉翁公國軍的王牌駕駛員夏亞，在SIDE 7捕獲了地球聯邦軍的最新MS《鋼彈》。結果導致戰局出現重大轉變，一年戰爭的贏面漸漸傾向吉翁。然而在決戰前夕，鋼彈與夏亞卻……

天手半推半就地被拉進非法的MS決鬥競技《戰團對決》中。心中不安的她，遇見了操縱紅色鋼彈的少年修司，於是她提議兩人一起組隊參加戰團對決。將參賽名稱取為《瑪秋》的天手，再度搭上GQuuuuuuX飛向宇宙。

在一年戰爭中擊墜百架以上的機體，擁有「魔女」別稱的超級王牌駕駛員，為了與紅色鋼彈了結宿怨而報名了戰團對決。即便要捨棄丈夫與孩子也執著於MS戰鬥的魔女，讓瑪秋看到了人性的執念。

瑪秋計畫利用戰團對決賺來的獎金，與涅安和修司一同前往地球。然而在戰團對決當天，瑪秋被艾格沙貝發現而難以脫身，如果她無法出賽，前往地球旅行的夢想將無疾而終，此時涅安…

安琪找到了修司的藏身處，紅色鋼彈的情報價值遠比戰團對決的獎金更高昂。瑪秋得知安琪打算在戰團對決途中賣出這個情報。另一方面，掌握到基西莉亞絕密情報的地球聯邦軍情報部決定…

瑪秋得知安琪的打算之後，與涅安聯手想出了一個藉由戰團對決讓修司逃脫的計畫，然而，下一場戰團對決的對戰對手竟是駕駛著新型MA，企圖暗殺基西莉亞的恐怖分子。

在一年戰爭的尾聲，為了阻止地球聯邦軍的所羅門要塞墜落作戰，夏亞率領索頓艦隊出擊，保護月面都市格拉那達。而五年後在格拉那達，基西莉亞的身邊有涅安的身影。

瑪秋在神祕訊息的引導下逃出索頓，坐上GQuuuuuuX降落地球。在迫降時救下瑪秋的人，是一名被尊稱為"姐姐"的女性，而她被囚禁於卡巴斯大宅內。瑪秋將她帶出來，試圖搭乘核心戰機一起逃離。

為了阻止伊歐瑪格奴索造成破壞，瑪秋在夏利安布爾的請託下前去營救薔薇的少女。然而受命於基西莉亞的涅安先一步行動，駕駛著GFreD正準備啟動傑庫諾瓦砲，目標則是全地球人類――

瑪秋試圖營救薔薇的少女，她駕駛的GQuuuuuuX與涅安的GFreD展開交戰。最終在修司的引導下，瑪秋隻身前往伊歐瑪格奴索的深處。而夏亞與基西莉亞就在那裡。

事態進入終章，從另一邊出現的白色MS企圖殺死拉拉。意外的是駕駛那架白色惡魔的人竟然是修司。為了保護拉拉，瑪秋與涅安組成摯友，決心與修司一戰。