監視が厳しくなり光を失ってしまった2030年のミラノ。ディアナとルカはルガーノで行われる兵器の交換をスパイするよう命令を受ける。一方マンティコア・イタリアの後継者 エド・ザニはマンティコア・フランスのトップであるセシルから予想外のプロポーズをされる。過去の回想では、両親の不審な死の真相を追うディアナのもとに、ミステリアスなシタデルのエージェント、ガブリエルが現れる。

ディアナとエドは協力関係を結び、最初の動きに出るが、セシルの激しい反撃にあう。マンティコア・イタリアへの攻撃が激化することを防ぐため、エットレ・ザニが交渉に出向くことに。過去の回想では、ディアナがガブリエルとのトレーニングを終え、正式にシタデルのエージェントとなる。

エットレはエドとディアナをシチリアへ送り、２人の協力関係を脅かす重要な任務を与える。地中海の太陽の下で、２人は任務以上の繋がりをお互いの中に感じる。そしてその８年前、ディアナはマンティコアへ潜入し、最初の任務に就く。

ディアナは捕らえられ、生き延びるためにエットレにある提案を持ちかける。エットレはマンティコア・イタリアの地位を守るため決断を迫られるが、エドとの関係性が崩れる原因となった問題に改めて直面する。

エドはエージェントを率いてパリのマンティコア・フランス本部へ攻撃を仕掛ける。兵器を手にする直前、ディアナは８年前にシタデルが壊滅した夜と同様に、どちらの側につくかの選択をしなければならない。

ディアナが選択に悩む一方で、エドは強力な新兵器を開発していた。エットレは息子のエドに近づこうとある計画を実行するが、思いもよらない結末が待ち受ける。過去の回想で、エンリコの死を悼むザニ一族。そしてディアナは自分が、シタデル内で生き残っている最後のエージェントであると知る。