Em uma conferência entre líderes do setor no combate contra os Kaii, o "Sistema Alice" de Shigemoto é rejeitado. Ele assume um novo projeto importante, mas perigoso, para provar seu valor, enquanto questiona as dinâmicas de poder e as expectativas do setor. Enquanto isso, uma certa pessoa aborda Koshigaya com uma proposta suspeita, colocando seu pai em uma situação delicada.

Kana e Koshigaya visitam o RIMT para investigar e exterminar uma nova espécie de Kaii. Guiadas pela vice-chefe Akasaka, elas enfrentam uma espécie de Kaii aparentemente invencível, que desafia a lógica. Segundas intenções relacionadas às regras do poder mágico geram tensão, enquanto o Kaii sofre uma mutação inesperada. Com pouco prazo, as habilidades da Magilumiere são postas à prova.

As garotas mágicas da Magilumiere e da AST enfrentam, ao mesmo tempo, uma nova espécie de Kaii que está causando estragos. Koshigaya ajuda Tsuchiba, o que acaba gerando um desentendimento que só aumenta a tensão entre as duas empresas. O Kaii desconhecido sofre mutações rápidas sob a influência do poder mágico. Em seguida, uma certa pessoa assume o controle da batalha decisiva que está por vir.

A Magilumiere e a AST se unem em uma luta de vida ou morte contra os Kaii Classe C, que sofrem mutações rápidas. As táticas alternativas de desefa e ataque da Magilumiere desafiam os métodos convencionais, enquanto Kana coleta dado durante a batalha para assumir o controle. Com habilidade, controle e orientação, a equipe aparentemente desequilibrada elabora um plano para contra-atacar.

A Magilumiere começa a recrutar engenheiros para promover o Sistema Alice. Kana tem dificuldade em transmitir as qualidades da empresa enquanto supervisiona as entrevistas. Um grupo inesperado de pessoas se junta à equipe, trazendo uma atmosfera renovada. Quando fica difícil conseguir mais talentos, mesmo após várias tentativas, a Magilumiere vai a Quioto para dar palestras e fazer entrevistas.

Em Quioto, a Magilumiere conhece o candidato Yamimori, que tem habilidades impressionantes, mas nem tanto pra trabalhar em equipe. Enquanto sua compatibilidade com a equipe é questionada, ele parece esconder sentimentos em relação ao seu amigo de infância, Sakae. Enquanto isso, durante um festival no Santuário de Tonomori, um ritual libera um Kaii, e uma sombra sinistra se esconde nos bastidores.

No auge da cerimônia no Santuário de Tonomori, um Kaii desconhecido invade uma barreira que antes parecia ser segura, disseminando o caos. A barreira bloqueia forças externas, o que separa a equipe da Magilumiere. Makino e Akasaka são forçadas a lutar dentro da barreira, enquanto Nikoyama procura uma brecha do lado de fora. Com o tempo se esgotando, cada decisão pode influenciar o resultado.

Depois de conquistar a confiança dos seus aliados, Yamimori entra em ação para lutar contra o Kaii, que está enlouquecido dentro da barreira vedada. Makino e Akasaka também voltam à linha de frente para enfrentar o Kaii, agora superpoderoso. A situação desesperadora mostra a habilidade e a confiança entre as garotas mágicas e seus engenheiros, enquanto a equipe segue em frente com o coração cheio.

Descobre-se que o Kaii em Tonomori é, na verdade, um ato de sabotagem de alguém que está promovendo um esquema para flexibilizar as regulamentações mágicas nos bastidores e manipular a opinião pública. Então, surge o inesperado culpado. Enquanto Yamimori se adapta à Magilumiere, Kana decide desafiar as principais normas do setor e seu papel no processo, dando início a uma guerra de grande escala.

Enquanto os defensores da desregulamentação planejam seu próximo esquema, a Magilumiere desafia tudo à espera de emboscar um Kaii enorme, não classificado e altamente irregular antes que ele apareça. Koshigaya, Akasaka e Makino lutam enquanto o poder do Kaii cresce além de todas as expectativas, enquanto Nikoyama e Yamimori trabalham freneticamente juntos na análise e suporte na sala de operações.

À medida que a batalha na Baía de Tóquio se intensifica, as garotas mágicas da Magilumiere unem forças para assumir o controle. No entanto, Tsuchiba, da AST, vira a batalha de cabeça para baixo com seu novo dispositivo mágico ultrapoderoso, o "Wings", com o objetivo de aniquilar sozinho o alvo e contrariar o estilo de combate cooperativo da Magilumiere. Agora, a luta não é mais só contra os Kaii.

Em meio à guerra se alastrando, a Magilumiere e a AST decidem "cooperar", com Shigemoto dando à AST acesso total à tecnologia do Sistema Alice para unir as forças das duas empresas e compartilhá-las com as garotas mágicas. Enquanto isso, Tsuchiba quase perde o controle da sua magia. Pelo bem das futuras gerações, novos relacionamentos e valores morais levam todos os envolvidos a lutar juntos.