スターゲイト アトランティス

スティーブン・コールドウェル大佐と戦艦デダラスの到来によって、迫りくる２隻のレイス艦は撃破され、チームは窮地を脱する。マッケイはゼロポイントモジュールこそが勝利の鍵になると期待を寄せるが、その一方で、事故に遭ったフォードの様子に異変が見え始めていた。

地球からの帰還後、デダラスで不可解な故障が次々と発生し、シェパードは事態を疑い始める。調査の結果、デダラスがレイスのウイルスに感染し、艦そのものが生存モードに移行していることが判明する。

フォード中尉の捜索はシェパードとテイラをP3M-736という惑星へ導くが、そこで彼らはレイスに追われ、逃亡生活を送る男ロノン・デックスに捕らえられてしまう。チームはロノンを助けることを申し出て、再びレイスと対決することになる。

惑星セノラにいる間、マッケイと海兵隊士官ローラ・キャドマンが突然レイスのダートに連れ去られ、チームは衝撃を受ける。チームがダートを撃ち落とすと、技術的なエラーによりキャドマンの意識がマッケイの身体に入り込んでしまったことが判明する。

チームは、どんな犯罪を犯した者に対しても残酷な罰を科す惑星を発見する。犯罪者はスターゲイトの近くに置かれ、レイスに連れ去られるのだ。あまりに効果的なこのこの制度によって、社会はレイスを満足させるために無実の人々まで投獄するようになってしまっていた。

チームは、エンシェントたちが究極のパワージェネレーター製作のために進めていた実験の残骸を発見し、マッケイはエンシェントたちが始めたものを自分なら完成させられると信じる。一方テイラとロノンは、ロノンが自身の種族の最後の生き残りではなかったことを知る。

ベケットはレイスを人間に変えることができるかもしれない新しい治療法の実験を始める。チームは、ベケットの最初の患者になり得る若いレイスの少女を発見する。人間に育てられたその少女は、何でも試したいと意欲的な一方で、無鉄砲だった。

ベケットによるレイス治療の後、シェパードは少しずつイラトス・バグとのハイブリッドへと変異し始め、命の危険にさらされる。チームは副作用を止め、変異を逆転させる治療法を必死に探すが、最終的にはシェパード自身にかかっている可能性があった。

シェパード（ジョー・フラニガン）とチームは、オーロラ（Aurora）と呼ばれる古代種（エンシェント）の戦艦を発見する。船は休眠状態のまま存在しており、シェパードは古代種から貴重な情報を得ることを期待して、仮想環境を通じて艦内にアクセスする。

ワース酵素を摂取したスーパー兵士たちで自前の部隊を作り上げたエイデン・フォード中尉によって拉致されるチーム。フォードの部隊は、酵素の凄さと力を証明するためにハイヴ・シップの破壊を企てていた。

ハイヴの破壊作戦が失敗し、チームはワースに拘束されてしまう。シェパードはやがて答えを求めるワース・クイーンの前にレ連行される。一方マッケイは、チーム救出のために警備隊を説得しようと、アトランティスへ戻る。

エンシェントが作った装置を発見するチームだが、その装置は何の前触れもなくシェパードを引き込んでしまう。チームが彼を閉じ込めている奇妙な空間から救い出そうと奔走する中、マッケイは、その内部には異なる時間の流れがあることを発見する。

ランドリー中将から 次にチームが地球へ向かう瞬間に爆発するよう仕掛けられた爆弾があると知らされるチーム。ゴアウルドによるアトランティス破壊計画を阻止するため時間との戦いを繰り広げるチームだが、その頃、2隻のレイス艦がアトランティスへ向かっていた。

修理を終えたばかりのパドルジャンパーをテスト飛行していたマッケイとヒュー・グリフィン大尉は、突然機体の制御を失い、海へと墜落する。機体がゆっくりと海底へ沈み始める中、グリフィンはマッケイを救うため自らを犠牲にする。

シェパードたちは、エンシェントが作り上げたテクノロジーを持つ世界を発見する。だが、その惑星の王族は自分たち以外がその技術を利用することを許さず、村人たちの人権尊重は眼中になく扱っていた。

チームは宇宙を漂う2つのライフポッドを発見する。さらに調査を進めるうちに、誤ってその2人の意識をシェパードとウィアの中に転送してしまう。だが状況はさらに悪化し、チームはその2人が互いを破壊しようとしていることを知る。

シェパード大佐のチームは、ローン少佐のチームが襲撃されたという知らせを受け、M1K-177へと緊急召集される。しかし到着してみると、彼らが見つけたのは、黒焦げになった建物と、焼け焦げた遺体だけだった―状況はそれらがローン少佐と部下たちのものと示唆していた。

ケンモア中尉は医務室で目を覚ますが、記憶を失っていた。自分がレイスであるという悪夢が、夢とは思えぬ現実のように感じられることから、何かがおかしいと考え始める。しかし、その恐怖も、レイスを人間に変える血清が存在することを除けば、根拠のないものだった。

シェパードとチームは、2人の有力な市民であるノリナ・ペロ博士とライカス首相からの招待を受け、タラニス惑星を訪れる。市民たちは、マッケイに発見したエンシェントの基地と戦艦にある故障したシールド・ジェネレーターを修理してほしいと考えていた。

ケンモアは、内戦の最中にレイスの一団とともにアトランティスへ帰還する。ケンモアは、アトランティスの知識を利用してシェパードとチームに対抗しようと考え、取引を持ちかける―ベケットの血清と引き換えに、アトランティスを隠しておくという条件だ。