Die Oberschülerin Asuka ist fest entschlossen ihr Magical Girl-Dasein als „Rapture" an den Nagel zu hängen und endlich einen normalen Alltag zu verbringen, nachdem sie so viel Leid und Schmerz erfahren hatte. Doch sie erkennt schnell, dass ungeachtet ihres Wunsches nach Ruhe und Frieden, die Arbeit eines Magical Girls nie ein Ende haben wird...

Nachdem Asuka ihre Freundin Sayako vor dem Kriminellen Kim Kanth beschützt hat, bekommt die Fassade rund um ihr normales Leben allmählich Risse. Die Tatsache, dass unerwartet ein neues Unterbiester auftaucht und das Magical Girl „War Nurse" Kurumi allein gegen dieses kämpft, macht es auch nicht gerade besser.

Während sich immer mehr herauskristallisiert, wer hinter der Verbreitung der neuen Unterbiester steckt, genießen die Freundinnen einen Tag im Schwimmbad, um ihre Sorgen zu vergessen. Doch wird Asuka das schaffen?

Obwohl Asuka überzeugt davon ist, ihre Liebsten zu schützen, indem sie ihre Aktivitäten als Magical Girl auf einem Minimum hält, wird Nozomi dennoch plötzlich entführt. In Angesicht der Tatenlosigkeit der Polizei, stürmt sie kurzerhand selbst los, um ihre Freundin zu retten.

Da die beiden Magical Girls sich während der Rettungsaktion von Nozomi aufteilen mussten, stehen sie jetzt vor getrennten Herausforderungen. Während Asuka gegen die russischen Terroristen kämpft, entdeckt Kurumi Abigails Geheimnis…

Auch Magical Girls brauchen ab und zu eine Auszeit, daher entschließen sich die Mädchen auf ein Fest zu gehen. Unterdessen ist Mia Cyrus auf den Weg nach Japan, um sich im Fall der Babel-Brigade mehr Klarheit zu verschaffen.

Nachdem Asuka dem M-Trupp der Special Forces beitritt, steht auch schon ihr erster Einsatz an. Eine Zufallstopologie-Brücke wird für illegalen Schmuggel zwischen der Menschen- und der Unterwelt eingesetzt. Während sich Asuka und Kurumi um dieses Problem kümmern, trifft eine weitere der Magical Five in Japan ein.

Während die Oberschülerinnen ihre Sommerschule am Strand genießen, rekrutieren die Terroristen ein neues Magical Girl, um ihre Pläne voranzutreiben.

Damit die Sixth Naha ohne weitere Vorkommnisse vonstattengehen kann, werden die Magical Girls dazu beauftragt, unter anderem Generalin Tabira zu beschützen. Doch die feindliche Angriffskraft ist stärker als erwartet…

Der Kampf rund um Naha spitzt sich immer mehr zu. Während die Militärtruppen sowie Mia und Tamara tapfer gegen die Unterbiester kämpfen, warten Asuka und Kurumi im Bunker auf die Ankunft der feindlichen Terroristen.

Dazu gezwungen sich zu trennen, müssen sich Asuka und Kurumi allein gegen ihre Gegner stellen. Wird es Kurumi schaffen ihre Vergangenheit hinter sich zu lassen, um gegen Chisato zu gewinnen und hat Asuka überhaupt eine Chance gegen die Anti-Magical-Girl-Rüstung von Giess?

Obwohl die Schlacht in Naha endlich ein Ende gefunden hat, ist der Frieden noch in weiter Entfernung. Trotz dieser unsicheren Zukunftsaussichten schöpft Asuka Hoffnung und sieht ihr Magical Girl-Dasein in einem anderen Licht.