Mentre va a scuola, Torako trova una ragazza-cervo impigliata nei cavi elettrici e decide suo malgrado di salvarla. Quando pensa che non la incontrerà mai più, Nokotan si presenta nella sua classe come studentessa trasferita e rischia di rivelare a tutti il passato segreto di Torako.

Nokotan è presa di mira da un individuo misterioso che attenta alla sua vita e distrugge il club del cervo. Quando finisce in trappola, la cerva sfida il suo assalitore a uscire allo scoperto e si rivela essere Koshi Anko, la sorella minore iperprotettiva di Koshitan.

Inizia il nuovo anno scolastico al liceo Hino-Minami e due nuove ragazze decidono di iscriversi al club del cervo: la prima è Anko, che è lì per stare vicina a sua sorella Koshitan, mentre la seconda è Bashame Meme, una matricola che è stata salvata da Nokotan e le chiede di prenderla come apprendista cerva.

Koshitan fa conoscenza dei nuovi membri del consiglio studentesco con cui trascorrerà il prossimo anno. La presidentessa è intenzionata a fare amicizia con tutte, ma non sa che tra di loro si nasconde qualcuno che mira ad abolire il club del cervo.

Koshitan finisce sui giornali in seguito a un incidente esplosivo causato da Nokotan, così decide di pedinare la cerva per scoprire alcuni suoi punti deboli da sfruttare contro di lei. Così, il suo pedinamento la porta fino all'esposizione dei cervi al giardino zoologico di Hino.

L'estate è alle porte e per festeggiare l'arrivo a metà serie, oltre alle solite storie, saranno animati diciotto mini-episodi dove i membri del club del cervo svolgeranno varie attività, dalle televendite al formare una girls band.

È arrivato il periodo della ShikaColle, la sfilata di moda a cui partecipano top cervi da tutto il mondo, e Nokotan vuole convincere Koshitan a partecipare insieme a lei. Più tardi, la capoclub organizza un live streaming su mytube per far ottenere notorietà al club e guadagnare ulteriori fondi dalla scuola.

L'anno è ormai agli sgoccioli per i membri del club del cervo, che decidono di riunirsi per fare la prima visita dell'anno al santuario insieme, ma Nokotan è stranamente in ritardo. Tornate nell'aula del club, le ragazze decidono di dedicarsi a un'altra attività tipica delle festività: i giochi da tavolo.

È arrivata la primavera e con essa il classico festival sportivo al liceo Hino-Minami. Koshitan si è preparata alla perfezione in maniera che l'evento proceda senza alcun intoppo, ma un continuo susseguirsi di guai finirà per farla esaurire.

È arrivata la primavera e con essa le tipiche attività come l'osservazione dei ciliegi in fiore, ma non tutto ciò che portano i fiori è bello, come scoprirà presto Koshitan quando vede Nokotan con il naso che cola a causa dell'allergia al polline. Inoltre, Bashame si prepara finalmente a piantare il riso nei campi preparati nel corso della serie.

Al liceo Hino-Minami arriva un matagi, un cacciatore delle terre del nord del Giappone, il nemico naturale di Nokotan. I due si affronteranno in una feroce battaglia con in gioco la vita, ma chi riuscirà a scamparla in questo classico scontro tra cacciatore e preda?

La Tana dei Cervi scopre che Nokotan si nasconde nella città di Hino e manda dei sicari a catturare la giovane cerva per riportarla nella loro organizzazione. Tuttavia Koshitan, che nonostante tutto si è affezionata alla compagna di club, non è disposta a lasciarla portare via e si mette in mezzo per evitarlo.