NIGHT HEAD 2041

Depois da 3ª Guerra Mundial, o governo proíbe a disseminação e criação de qualquer coisa que faça alusão as coisas que não sejam físicas. Para conter o surgimento de seitas que violam essa lei, as forças pacificadoras vão atrás de Miracle Mick, o líder de um desses grupos.

Depois de fugir da investida das forças pacificadoras, Miracle Mick se esconde numa lanchonete e é coagido a entrar por uma mulher. Ele acaba sendo reconhecido por um jovem que está com a mão ferida e pede para ser curado.

Naoto e Naoya decidem ir para a casa dos pais e descobrir o que aconteceu enquanto eles estavam no laboratório, mas a casa não existe lá. No entanto, a menina em uniforme escolar, Futami Shoko, se identifica para Naoya e diz aonde eles devem ir. Enquanto isso, as forças pacificadoras vão investigar suicídios em um colégio.

Masayuki é levado pelas forças pacificadoras por ter levado os estudantes a se matarem. Enquanto ele dorme, os agentes fazem exames para verificar o nível de despertar de cada um, e os irmãos Kuroki estão prontos para avançar à próxima fase.

Depois que Takuya perde o controle do poder, ele tem uma parada cardíaca e fica entre a vida e a morte. Enquanto isso, Tachibana, a mãe do Masayuki, conta para os irmãos Kirihara e para os rebeldes sobre a Shoko.

O plano da Aliança da Liberdade de Expressão é colocado em prática. Enquanto Naoya é mantido como refém na fábrica, Naoto é levado com Kazuma para a emissora de TV com o objetivo de mostrar os poderes em rede nacional para que todos percebam que estão sendo enganados pelo governo.

Naoto e Naoya se veem de volta no laboratório. Lá, Mikuriya explica por que dois terços das pessoas sumiram e o que eles estão fazendo de volta no laboratório. Além disso, tanto eles quanto Yuya descobrem mistérios sobre as próprias infâncias.

Naoto e Naoya voltam ao mundo e são direcionados para salvar Yui. Ao mesmo tempo, Yuya busca saber mais da visão que teve com Naoto e seus pais e, por isso, decide não ler a mente de outras pessoas, mas entrar diretamente na rede de computador.

Os soldados das forças pacificadoras são levados ao domínio de Okuhara Akiko e, logo em seguida ela também traz Naoto e Naoya. A existência dos dois no mesmo mundo de Takuya e Yuya causa um paradoxo que deve ser eliminado.

Naoto e Naoya aparecem na Rússia e são levados ao laboratório onde Mikuriya trabalha. Lá, eles também veem Shoko, que está ligada a uma máquina em estado de hibernação e, por isso, não envelheceu durante esses anos.

Durante o ataque à base da Rússia, há uma sobreposição temporal que faz com que Naoto, Naoya, Takuya e Yuya passem por vários lugares onde já estiveram e com que as forças pacificadoras apareçam em Shibuya. Então, quando os quatro estão reunidor, Naoto e Takuya percebem que seus irmãos estão se dissolvendo.

Takuya e Naoto são impotentes diante de Honda, mas Okuhara aparece e salva os dois. Como a destruição do mundo já começou, eliminar os irmãos mais velhos faria apenas com que a destruição fosse imediata. Com essa chance, Takuya e Naoto vão se encontrar com seus irmãos.