"Butterflyn" pilottijaksossa yhdeksän vuotta aikaisemmin kuolemansa lavastanut korealais-amerikkalainen David Jung kohtaa menneisyytensä, kun hänen tyttärensä Rebecca, joka nyt työskentelee yksityiselle tiedustelujärjestö Caddisille, lähetetään murhaamaan hänet.

David ja Rebecca päätyvät pakoilemaan Caddisia poliisin tarkastuspisteessä sattuneen kireän kohtaamisen jälkeen. Mutta isänsä hylkäämän Rebeccan hautoma kauna mutkistaa heidän yllättävää jälleennäkemistään.

Rebecca sekä David perheineen pakenevat turvataloon rannikkokaupunki Busaniin. Välit perheenjäsenten välillä kiristyvät, kun Rebecca painiskelee isänsä uuden perheen kanssa. Hätkähdyttävä paljastus Davidin menneisyydestä Junon kanssa paljastuu väkivaltaisen yhteenoton aikana satamassa.

Siepattuaan Oliverin David ja Rebecca käyttävät häneltä saamiaan tietoja laatiakseen suunnitelman Junon perään lähtemiseksi. Tavoite johdattaa heidät takaisin Souliin, missä Gun ja Caddis odottavat.

Juno kuulustelee Oliveria ja saa selville, että tämä petti hänet ollessaan Davidin vankina. David ja Rebecca toteuttavat psykologisen operaation Junoa vastaan pyrkien ajamaan Junon ja Oliverin erilleen ja tuhoamaan Caddisin kertaheitolla.

David lähtee Rebeccan perään Junon ja Caddisin agenttien vangittua hänet. Seurauksena on kovatempoinen takaa-ajo sekä brutaali väijytys hylätyllä tehdasalueella.