Mac fühlt sich mit seinem neuen Leben in Nigeria wohl, als sein Vater bei ihm auftaucht. Der teilt ihm mit, dass sich Jack in Schwierigkeiten befindet. Mac und seinem Vater gelingt es mit der Hilfe von Bozer, Leanna und Riley tatsächlich Jack aufzuspüren, doch der Anführer von Belarus nimmt ihn gefangen. Zeitgleich nimmt Jills Suche nach Murdoc eine fatale Wendung.

Mac kehrt zum Phoenix-Team zurück und versucht Murdoc dingfest zu machen. Außerdem hilft er Jack und seinem Delta Force-Team dabei ein früheres Mitglied zu finden, dem in Honduras Terrorismus vorgeworfen wird. Zeitgleich setzt Matty Leanna, Riley und Bozer auf das Handy eines Gangsters an, das zahlreiche Kontakte zur Unterwelt beinhalten dürfte.

Matty schickt Mac, Bozer, Riley und Leanne zurück aufs College - wenn auch nur in Undercover-Mission. Die vier sollen sich als Studenten ausgeben um herauszufinden, wer ihre Komilitonen als unfreiwillige Helfer von Terroristen anheuert, die eine neuartige Bombentechnologie verwenden. Jack übernimmt zeitgleich für Riley die Jagd nach einem flüchtigen Kriminellen und gerät dabei in Schwierigkeiten.

Jack wird von der CIA befragt, während Mac und Riley eine gefährliche Fracht unter Aufsicht haben. Ein Kinderkrankenhaus im Südwesten Georgians wartet auf die dringend benötigte Lieferung von flüssigem Sauerstoff. Doch Rebellen haben die Straßen blockiert und Kriminelle haben es auf die Fracht abgesehen.

Mac, Jack und James kehren nach Mexiko zurück und versuchen den Drogenbaron Luis Gomez in Gewahrsam zu nehmen, um von ihm zu erfahren, wo sich James' früherer Partner Walsh aufhält. Zeitgleich geben sich Bozer und Riley als Vorstadtpärchen aus und ziehen gegenüber von Daniel Kettner ein. Der steht unter Verdacht Staatsgeheimnisse an die Chinesen zu verkaufen.

Murdoc entführt Macs Freundin Nasha und zwingt ihn so bei der Suche nach seinem Sohn Cassian zu helfen. Die Spur führt nach Kolumbien und zu Murdocs Ex-Frau Amber, die es nicht nur auf ihren Sohn, sondern auch auf eine Millionenbeute abgesehen hat.

Matty schickt MacGyver und sein Team nach Ghana um eine Festplatte zu retten, auf der sich brisante Informationen unter dem Codewort „Dragonfly" befinden. Die Spur führt zu einer Müllhalde für Elektroschrott, die sich in der Hand eines gewalttätigen Kriminellen befindet. Mac und die anderen spekulieren darüber, was wohl auf der Festplatte sein könnte.

Mac ist bereits seit Jahren auf den Spuren des „Geistes", einem gefährlichen Bombenleger. Nun nimmt eine irische Militäragentin Kontakt mit ihm auf und behauptet zu wissen, wo sich der Gesuchte aufhält.

Ein tödliches Virus ist aus der Zentrale der US-Seuchenkontrolle in Atlanta verschwunden. Die Suche führt Mac, Jack und Bozer nach Rumänien, wo ein gewisser Dr. Luka den Einsatz des tödlichen Kampfstoffes plant. Er will sich damit für den Tod seines Bruders bei einem Minenunfall rächen. Zeitgleich befinden sich Billy und Riley auf einem Road Trip, bei dem sie auf einen Autodieb treffen.

Matty überrascht ihr Team mit einer Enthüllung, die ihren Ehemann Ethan betrifft. Zeitgleich bittet sie MacGyver bei der Rettung ihres Mannes um Hilfe. Das Team reist nach Indonesien, wo die Terrororganisation S Company ihr Unwesen treibt und wo sich auch Ethan aufhält.

Mac und Jack genießen ihren Mini-Urlaub, der allerdings jäh durch Griggs getrübt wird. Der entführt die beiden und sperrt sie aus Rachsucht in einen fensterlosen Betonraum. Zeitgleich werden Riley, Bozer und Leanna mit dem Diebstahl eines Diamanten in Mailand betraut, der Geheiminformationen enthält.

Das Phoenix-Team tut sich mit Charlotte Cole zusammen - eine harmlos wirkende Mutter, hinter der sich aber tatsächlich eine Meisterdiebin verbirgt. Phoenix nutzt ihre Kontakte um an einen Unterwelt-Schurken heranzukommen, der eine schmutzige Bombe in seinen Besitz bringen will.

Mac, Bozer und Riley absolvieren ein Überlebenstraining, als Mac gefangengenommen wird. Bozer und Riley bemühen sich ihn aufzuspüren, während Mac seinen Entführern ein verlockendes Angebot macht. Zeitgleich befinden sich Ethan und seine Familie in Lebensgefahr. Dank der Hilfe von Matty und Jack gelingt ihnen die Flucht, doch Deenas Frau erfährt dabei die Wahrheit über Ethans Vergangenheit.

Der Waffenhändler Alonzo Olvera bietet Phoenix sämtliche Details zu seinen illegalen Geschäften an. Im Gegenzug will er in die USA einreisen um an der Hochzeit seiner Tochter teilnehmen zu können. Matty lässt sich auf den Deal ein, schickt aber Mac und sein Team als Hochzeitsgäste getarnt zu der Feier. Tatsächlich wird das Fest von bewaffneten Tätern überfallen.

Das Phoenix-Team erhält überraschend die neue Rekrutin Desi zur Seite gestellt. Ihre erste Mission ist ausgerechnet der Schutz eines Spürhundes, auf den ein Kopfgeld ausgesetzt ist.

Ein Pilot kommt beim Test eines neuen Vermessungs-Systems ums Leben, das von MacGyver entworfen wurde. Das Phoenix-Team macht sich auf die Suche nach der Leiche des Piloten, findet ihn jedoch lebend vor. Riley versucht unterdessen jenen Hacker aufzuspüren, der ein SWAT-Team zu ihr und Elwood nach Hause geschickt hat.

Mac, Riley und Desi sind auf dem Weg nach Grönland, wo ein Paket nordkoreanischer Samen verschwunden ist. Diese können als Grundlage für ein tödliches Gift genutzt werden. Zeitgleich setzt Mac Bozer und Leanna auf seinen Vater an, da er überzeugt davon ist, dass er etwas verheimlicht.

Profikiller Nicholas Helman taucht wieder auf und hat es dieses Mal auf Mitglieder eines Kartels in Hong Kong abgesehen. So bleibt Phoenix nichts anderes übrig als sich an jenen Mann zu wenden, der Helman am besten kennt: Murdoc.

Mac und Desi stoßen auf eine Gruppe syrischer Flüchtlinge und helfen ihnen sich gegen eine Gruppe Menschenhändler zu verteidigen. Bozer steckt im brandneuen Auto von Oversight fest, das zu explodieren droht, sobald er seinen Fuß von der Bremse nimmt.

Zwei amerikanische Touristen verschwinden während einer Rally durch die gefährlichsten Länder der Welt. Das Phoenix-Team folgt ihren Spuren und tarnt sich als Backpacker.

Mattys Ex-Mann Ethan bittet sie um Hilfe, als eine kriminelle Organisation namens S-Company seine Frau und Tochter entführt. Matty muss nun entscheiden, ob sie einen Verrat begehen soll, um ihm bei der Rettung seiner Familie zu helfen.

MacGyver steht einem gerissenen neuen Gegner gegenüber, dessen sorgfältig ausgearbeitete Pläne Mac vor eine unmögliche Wahl stellen: das Leben eines Freundes oder das Leben von Hunderten von Unschuldigen zu retten.