To agenter med meget forskellige baggrunde går sammen om at løse sager, som FBI har mærket X-Files. Begge er fast besluttet på at afsløre skjulte sandheder - den ene søger efter ujordiske svar, den anden efter mere jordbundne videnskabelige forklaringer. Sammen vil de gøre opdagelser, som ingen af dem nogensinde kunne have forestillet sig.