Cheyenne Mountain, base de commandement du SG-C. Le général Hammond cherche des volontaires pour une mission d'urgence : secourir les trois membres disparus du SG-1. Ces derniers sont retenus prisonniers par la ténébreuse Hathor, sur la planète Chulak.

Des membres de la Tok'ra dont Jacob, le père de Sam, recherchent activement un Goa'uld très dangereux connu sous le nom de Seth. Se faisant passer pour un dieu, il fait régner l'hostilité et le chaos.

Samantha Carter est promue major de l'armée de l'air. Au cours de la cérémonie officielle, le colonel O'Neil disparaît brutalement, alors qu'il s'apprêtait à faire un discours. Il s'avère qu'il a été « transporté » sur le vaisseau mère des Asgards.

Le colonel O'Neil, Samantha Carter, Daniel Jackson et Teal'c sont partis en expédition sur une nouvelle planète. Ils y découvrent neuf cadavres de Goa'uld, qui portent tous une marque étrange sur le corps.

Selon Daniel Jackson, les habitants de la planète Orbade forment l'une des sociétés les plus remarquables de la galaxie. Il ne leur a fallu que quelques décennies pour parvenir au même niveau technologique que les humains. Tout semble indiquer qu'ils feraient d'excellents alliés.

Un couple est arrêté dans une zone de haute sécurité de SGC. Ils affirment avoir franchi le miroir quantique que l'équipe SG-1 a verrouillé en zone 51 pour s'échapper d'un monde parallèle. Le plus étrange, c'est que ces deux personnes sont le portrait caché du major Carter et de Kawalsky !

L'équipe du SG-1 visite une planète inconnue qui semble avoir été épargnée par la civilisation Goa'uld. Dans une forêt, le colonel O'Neil et ses compagnons sont menacés par un chasseur de primes.

Dans un village médiéval, la SG-1 libère une jeune femme, attachée à un pieu, et apprend par le père Simon qu'elle était destinée à servir d'offrande au démon qui terrorise les villageois. Pour les punir, ce dernier exige que cinq humains soient sacrifiés.

Le colonel O'Neil et ses compagnons sont témoins de violents affrontements entre de jeunes soldats. Certains d'entre eux pourraient appartenir à l'équipe du SG-11, disparue depuis plus de huit mois.

L'équipe du SG-1 s'apprête à quitter PX8-873, où elle a libéré des esclaves asservis par les Goa'uld. Soudain, Daniel Jackson croit apercevoir la silhouette de sa femme, Sha're, portée disparue depuis de nombreuses années.

Le colonel O'Neil, Daniel Jackson, Samantha Carter et Teal'c découvrent un monde étrange, où les habitants sont victimes d'amnésie collective. Chose encore plus bizarre : tous les enfants ont disparu de cette planète.

L'équipe SG-1 découvre une planète étrange, où la population souffre d'une amnésie collective et où les personnes âgées n'existent pas.

Martouf des Tok'ra se rend sur Terre pour annoncer à Carter que son père, Jacob, a été capturé par Sokar et envoyé sur Netu, une lune de la planète où se situe son empire semblable à l'Enfer.

De retour de mission, l'équipe du SG-1 est cloitrée à l'infirmerie. Le général Hammond vient de lui apprendre qu'un produit chimique s'est répandu au niveau 23 du SG-C, et que la base a été isolée. Le colonel O'Neil, Daniel Jackson, Teal'c et Samantha Carter se voient administrer à leur insu un puissant sédatif.

Le chef des Tollans, arrive au SG-C, porteur d'un message d'une importance capitale. La justice de son pays souhaite la présence des membres du SG-1 lors du procès ayant pour but de déterminer qui de Klorel ou de Skaara aura le contrôle exclusif du corps de Skaara.

Le robot Explorer a été envoyé sur une planète inconnue, baptisée P4X84. Il renvoie des images d'un paradis vierge de toute civilisation. Samantha Carter suggère au commandant Hammond d'envoyer une équipe d'exploration pour étudier les conditions de vie sur place, dans le but d'y implanter une colonie.

L'équipe du SG-1 visite Edora, une planète habitée par les descendants d'un peuple amené par les Goa'uld il y a plusieurs milliers d'années. Les chutes de météorites y sont fréquentes. Selon les estimations de Samantha Carter, Edora tourne en larges cercles autour d'un soleil.

L'équipe du SG-1 rend de nouveau visite aux Tollan, en vue d'établir des relations diplomatiques. Officieusement, le colonel O'Neil doit obtenir la permission d'utiliser la technologie de ce peuple non-violent, allié de la Terre. Mais ces derniers refusent de partager les secrets de leur technologie à des fins militaires.

L'équipe du SG-1 arrive sur une planète inconnue. Carter, O'Neil et Daniel sont pris pour des espions ennemis et sont faits prisonniers. Les habitants les torturent car ils n'arrivent pas à croire qu'ils ont voyagé par la Porte des Etoiles.

Bra'tac revient sur Terre pour demander de l'aide à l'équipe SG-1. La planète Chulak a été attaquée par Apophis, qui est à la recherche de l'enfant Harsesis parmi les habitants.

L'équipe du SG-1 trouve un crâne de cristal, semblable à celui découvert à Belize par le grand-père de Daniel. Lorsque Daniel regarde le crâne dans les yeux, il est transporté dans une autre dimension.

O'Neil est téléporté à bord d'un vaisseau Asgard. Thor, mourant, lui explique que son vaisseau est infesté par l'une des pires menaces de la galaxie : les Réplicateurs.