Al liceo Gintama, il professor Ginpachi cerca di aiutare gli studenti con i voti, ma qualcuno gli rema contro.

La classe di Ginpachi subisce strane mutazioni, arriva la verifica e dopo serve il consulto con il prof.

Una misteriosa gang attacca persone a caso per strada costringendole a comprare adesivi.

Shinpachi, Kagura e il prof si ritrovano a scuola di notte per recuperare oggetti, ma scopriranno ben altro...

I responsabili di una rapina in banca sono ancora in fuga. Sono già passate ormai due settimane, ma continuano a essere irreperibili. Sui tre sospettati, è stata posta una taglia di un milione di yen. Ebbene, sembra proprio che i sospetti si stiano nascondendo nella sala caldaie del liceo Gintama.

Shinpachi e Tae devono trasferirsi e quindi lasciare il liceo Gintama: la classe si mobilita per salutarli.

Durante le pulizie della scuola vengono fatti dei ritrovamenti che richiedono un esperto hard-boiled...

Il gruppo della 3a Z è arrivato a Kyoto per un viaggio di istruzione. Mentre gli studenti si divertono e fanno festa, Hijikata, il vicepresidente del comitato disciplinare, osserva tutti con un'espressione severa. l comitato disciplinare ha infatti la responsabilità di garantire la sicurezza degli studenti durante il viaggio.

Per il festival scolastico abbiamo deciso di girare un film. La protagonista è Tama. Yamazaki, che prova dei sentimenti per lei, ha partecipato alle audizioni per ricoprire il ruolo del suo partner. Tuttavia, il risultato è stato un fallimento... forse perché è troppo insignificante.

Gli episodi di "Bontan Hunter" si diffondono tra i delinquenti, con il gruppo di Takasugi sospettato ma probabilmente non coinvolto. Per evitare conflitti più ampi, Hijikata decide di sorvegliarli. Sorprendentemente, Shinpachi diventa la spia e cerca di infiltrarsi nella banda di Takasugi.

Uno scontro accende una faida tra il Liceo Gintama e l'Istituto Yato. Non sopportando le lotte inutili, Kamui li sfida a una guerra. Guidato da Takasugi e Kamui, lo scontro ha inizio: i cinque del Liceo Gintama e i cento dell'istituto Yato daranno vita a una battaglia alimentata dall'orgoglio.

Otto anni dopo il diploma al liceo Gintama, Shinpachi lavora in un ristorante di una nota catena e viene spesso rimproverato. Trovando il suo album del liceo, viene colto dalla nostalgia e organizza una rimpatriata, durante la quale i vecchi amici si ritrovano in un Izakaya per raccontarsi cosa è successo nelle loro vite.