Les enjeux sont plus élevés que jamais dans la troisième saison, quand des superméchants plus ambitieux et plus dépravés font leur apparition - incluant l'infâme organisation criminelle nommée Court of Owls ; la future Poison Ivy, qui apprend à utiliser ses charmes ; les Tweed Brothers ; et le Mad Hatter - alors qu'une réorchestration des alliances bouleverse la lutte pour le pouvoir à Gotham.
