Yûgi Muto, un jeune lycéen timide, reçoit de son grand-père un objet trouvé lors de fouilles archéologiques en Égypte : le puzzle du Millénium. Nul n'était auparavant parvenu à reconstituer cet objet antique, mais le jeune Yûgi y parvient. Il libère alors l'esprit d'un ancien pharaon d'Égypte, enfermé jusqu'alors dans le puzzle, qui prend partiellement possession du corps de Yûgi.