O serie de explozii zguduie Gothamul. Batman se trezești în mijlocul unui război teritorial între capii rivali Rupert Thorne și Pinguinul. Între timp, comisarul Gordon și fiica lui Barbara caută să repare din interior sistemul de justiție corupt al orașului.

Când dispare o vedetă strălucitoare din industria filmului, Batman și detectiva Montoya se trezesc prinși în plasa întunecată a unui răzbunător misterios care bântuie studiourile.

După ce tatăl ei multimilionar merge la închisoare, lăsând-o fără bani, diletanta amatoare de senzații tari Selina Kyle se apucă de infracțiuni sub identitatea Catwoman, scăpând mereu de brațul legii. Batman face un plan pentru a pune capăt infracțiunilor ei, în vreme ce doi detectivi rebeli din poliție vor să se asigure că ea își pierde toate cele nouă vieți dintr-odată.

Când primarul Jessop creează forțe speciale pentru a-l prinde pe Batman, detectiva Montoya e pusă la comanda misiunii. Detectivii Flass și Bullock se ocupă de problemă, încercând să-l prindă în cursă pe Batman și punând Gothamul într-un mare pericol.

Cineva răpește și spală pe creier oameni bogați și puternici din Gotham, iar Batman trebuie să afle cine o face și de ce. Când Barbara Gordon are bănuieli că o prietenă a ei e implicată în răpiri, ancheta ei o face să înfrunte Cavalerul Întunecat.

După o serie de jafuri în Gotham, Batman se gândește că vinovatul ar putea fi din lumea de dincolo. Între timp, moralitatea lui Harvey Dent e pusă la încercare când apare o campanie de donații generoasă din cele mai infame resurse.

În urma nereușitei tentative de asasinare a comisarului Gordon, Montoya jură să facă tot ce-i stă în puteri pentru a-l apăra pe Gordon. Ancheta lui Batman pentru a afla cine a comandat atacul îl conduce la o singură concluzie: nu trebuie să aibă încredere în nimeni.

La un eveniment al campaniei lui Harvey Dent copiii încep să dispară, iar Batman cercetează culisele carnavalului local care găzduiește evenimentul și descoperă ceva mult mai sinistru.

După accidentul lui Harvey Dent, Batman și Bruce Wayne trebuie să-și unească forțele pentru a-l opri pe procuror să facă dreptate într-un mod nedrept.

În finalul sezonului, încercările Barbarei Gordon și ale lui Batman de a-l păstra pe Harvey Dent în siguranță până când depune mărturie la tribunal conduc la un război total între eroii și ticăloșii din Gotham.