Efter att ha fått bestående men från andra nedslaget attackerar fjärde ängeln Tokyo III och mänsklighetens öde lämnas i specialagenturen NERVs händer. Unge Shinji Ikari tvingas styra EVA-01. Han och EVA-00-piloten Rei Ayanami får uppdraget att strida, men EVA-01 skadas av sjätte ängeln. Misato Katsuragi gör upp en plan att fokusera all el i Japan in i EVA-01s positronkanon för att besegra ängeln.
