दूसरी क़यामत से बौखलाकर, चौथा देवता टोक्यो 3 पर हमला करता है और अब मानवाजाति का वजूद स्पेशल गवर्न्मेंट एजेंसी नर्व के हाथों में है। शिंजी इकारी को मजबूरन ईवा-01 चलाना पड़ता है। लड़ाई का ज़िम्मा शिंजी और ईवा-00 की पायलेट रे आयानामी को सौंपा जाता है, पर ईवा-01 को छठा देवता घायल कर देता है। देवता को हराने के लिए मिसाटो कात्सुरागी जापान की पूरी बिजली ईवा-01 के पॉसिट्रॉन कैनन में डालने का प्लान बनाती हैं।
