2015년, 해군 특수부대원 벤 에드워즈(테일러 키치)와 찰리 부대는 모술 파견 임무를 마무리하며 제임스 리스(크리스 프랫)가 이끄는 알파에 임무를 넘긴다. 집으로 돌아가기 전 벤과 부대원들은 ISF 통역관을 노린 ISIS 지도자를 추적하지만, 그의 강력한 힘과 예상치 못한 연줄을 발견하게 된다.

알자부리 측근들은 벤 에드워즈와 레이프 헤이스팅스의 엇나간 기습 작전에 복수하려 하지만, 때마침 나타난 노장 첩보원이 제안한 일자리가 벤의 모든 문제를 해결할 가능성을 제시한다.

해버퍼드가 다나위를 사살하며 새로운 단서가 나타난다. 과연 누구를, 왜 만나려 했을까? 돈의 행방을 추적하던 벤과 레이프는 뜻하지 않은 동료들과 힘을 합쳐 '무적의 팀'을 이루고, 곧 예상보다 훨씬 더 큰 위협을 맞닥뜨린다.

몰나르의 베어링을 옮기려는 칼리드 네트워크의 작전을 막아야 한다는 부담이 커지면서 벤과 팀원들은 분열의 조짐을 보인다. 제네바에 있는 해버퍼드의 이란 연락책은 가족과 조국, 미국 정보부를 돕는 이중생활 사이에서 곤란해진다.

표적이 된 벤은 홀로 배신자의 뒤를 쫓는다. 레이프가 답을 찾고자 칼리드 네트워크 조직원을 신문하며 내면의 '검은 늑대'를 발산하는 한편, 탈은 모사드의 진짜 임무를 진행하며 독자적으로 움직인다.

벤은 팀원들과 재회하고, 자신의 믿음에 반하는 답을 찾게 된다. 비밀 작전의 어두운 세상에서 명료함을 찾기란 힘든 일. 레이프는 이 현실을 거부하고 벤과 레이프의 갈등은 더욱 깊어진다. 벤은 회색 영역을 인정하고 전쟁을 멈춰야만 한다.

비행장에서의 물건 교환 3개월 후, 벤은 독일 슈바르츠발트 숲에서 외부와 차단된 생활을 이어가며 과거와 단절하고 해버퍼드의 스파이 게임에 희생된 이들의 복수를 준비한다.