एन.सी.आई.एस

निदेशक वेंस के अपहरण के एक महीने बाद, गिब्स को उनकी अनुपस्थिति में अभिनय निदेशक की भूमिका दी जाती है, जब 16वें सीज़न प्रीमियर पर टीम उसका पता लगाने के लिए दुनियाभर में खोज करती है।

नौसेना के लेफ्टिनेंट की अपने ही गर्म पानी के टब में हत्या के बाद, पीड़ित के अजीब पड़ोस में टीम कई परिवारों का साक्षात्कार लेती है। इसके अलावा, पामर के साथ उतार-चढ़ाव वाली रात के बाद टोर्रेस को नतीजे भुगतने पड़ते हैं।

नौसेना पेटी अधिकारी प्रथम श्रेणी टोड निकोलस (कैमरून रैडिस) और उनकी पत्नी, लोकप्रिय रियलिटी टीवी स्टार शेबा निकोलस (तारा होल्ट) के घर के बाहर टीम द्वारा एक विस्फोट की जांच के बाद एनसीआईएस एजेंटों में से एक बुरा फंस गया है। इसके अलावा, जब उसे बंधक बनाया गया था, वेंस तब की चोटों का इलाज करता रहता है।

टोबियास फोर्नेल (जो स्पैनो) और नेवी कैप्टन फिलिप ब्रूक्स (डॉन लेक) के अचानक आने, साथ ही जंगल में छिपे एक डाकू को तलाशने में एनसीआईएस के मदद मांगने वाली एक कॉल से अपने रिमोट केबिन में गिब्स की एकांत छुट्टी में खलल पड़ जाता है।

हत्या के शिकार द्वारा छोड़ी गई 50 साल पुरानी टेप रिकॉर्डिंग मिलने के बाद, एनसीआईएस टीम रे जेनिंग्स (चार्ली रॉबिन्सन) को फांसी पर लटकाने की कोशिश करती है, जो समुद्री अपराध के लिए उम्रकैद काट है।

जब एनसीआईएस एक हेलोवीन अपराध घटनास्‍थल पर पहुंचती है, उसके बाद टोर्रेस पीड़ित की पहचान संघीय कानून प्रवर्तन प्रशिक्षण वाले एक पूर्व मित्र के रूप में करता है। इसके अलावा, जब वस्तुएं रहस्यमय तरीके से चलती रहती हैं तो जिमी सोचता है कि उसकी प्रयोगशाला में भूतों का साया है।

सड़क कलाकार और कार्यकर्ता के भित्तिचित्र की चोरी हो जाने के बाद, एनसीआईएस की जांच नौसेना ठेकेदार और महासागर के स्तनधारियों की सुरक्षा की साजिश की ओर ले जाती है। इसके अलावा, बिशप का सड़क कलाकार के साथ एक विशेष संबंध है।

विदेशों में अनचाही जंग में मारे गए सैनिकों की एक कड़ी से जुड़ी हुई एक हत्या के बाद मैकजी और बिशप अफगानिस्तान पहुंच जाते हैं।

जब एक अनसुलझे चर्चित चोरी के मामले से जुड़े संदिग्ध को रिहा किया जाता है, एनसीआईएस की टीम गुप्त रूप से अपनी जांच जारी रखती है।

टीम की छुट्टियों की योजना धरी की धरी रह जाती है जब एक नौसैनिक के क़त्ल की तहकीकात के दौरान एक नवजात शिशु पाया जाता है, जिसकी न कोई पहचान है और न ही कोई परिवार।

संयुक्त राज्य के रक्षा सचिव वीन क्रॉफर्ड (मिच पिल्गी) ने गिब्स की हत्या की जांच को बंद कर दिया और मांग की कि इस मामले में उनके कार्यों के लिए स्पेशल एजेंट मैक्गी और टॉरेस को गिरफ्तार किया जाए।

एक पुराने पारिवारिक मित्र, आर्मी कॉर्पोरल जॉन सिडनी (डबनी कोलमैन), एक लापता सैन्य आई.डी. ब्रेसलेट की खोज के लिए गिब्ज़ को उसके साथ सड़क यात्रा में शामिल होने के लिए आमंत्रित करते हैं। इसके अलावा, एन.सी.आई.एस. की सुरक्षात्मक हिरासत में एक नौसेना लेफ्टिनेंट को एक कुख्यात ड्रग डीलर द्वारा जहर दिया जाता है।

मैक्गी काफी हिचकिचाहट के बाद अपने स्कूल में जाने को तैयार होता है जब पता चलता है कि वो अनोखा कंप्यूटर का पासवर्ड जो उसने कई सालों पहले बनाया था, उसका ताल्लुक़ एक रक्षा विभाग के कांट्रेक्टर की मृत्यु से है। मामला और बिगड़ने लगता है जब एक घुसपैठिया उसके घर में घुसने की कोशिश करता है मैक्गी के बरसों पुराने कंप्यूटर को चुराने के लिए।

एनसीआईएस की टीम एक नौसेना के घातक जहाज़, जो यात्रा पर निकल चुका है, से लापता हुए आदमी की तलाश में लगी है। वहीं टोर्रेस वांस के दिए गए असाइनमेंट से पक चुका है जिसमें उसे तीन कॉलेज के विद्यार्थियों का मार्गदर्शन करना है।

जिमी अपने परिवार और काम के बीच पशोपेश में पड़ जाता है जब उसका ससुर, एड ( लैरी मिलर) उसे एन सी आई एस के एक हत्या कांड से जुड़े सबूतों से छेड़छाड़ करने को कहता है| एड का ताश के खेल का दोस्त एंथोनी डिनोज़ो सीनियर ( रोबर्ट मिलर) उसे मदद करने का हाथ बढ़ाता है|

डायरेक्टर वैंस को पैंटागौन द्वारा पता चलता है कि जिस सबमरीन पर गिब्स और बिशप हैं उसके रेडियो सिगनल लुप्त हो गये हैं|

खून में लतपत एक टूटी फूटी मछली पकड़ने की नांव मे होश में आने बाद और पिछले 12 घंटे क कुछ भी याद ना रहने के बाद, तौरेस अपनी टीम की जांच करने की योग्यता पर निर्भर करता है|

नेवल अस्पताल में हो रही एक गोलीबाज़ी के चलते, एन सी आई एस की टीम, संदिग्ध की खोज में है जो भाग गया है| और स्लोन का अतीत अस्पताल कें अंदर है और केस का एक अहम गवाह है|

एन सी आई एस छानबीन कर रहा है मरीन मेजर की हत्या की जो माना जाता था कि पैंटागॉन पड़़ हुए 9/11 के हमलों में मारा गया, लेकिन कुछ मानव अंश बरामद हुए है वहाँ निर्माण क्षेत्र से| एक पीड़ित की आत्म कथा गिब्स को प्रेरित करती है अपराध को हल करने के लिये|

सिस्टम में कोलड केस के डी एन ए को डालने के बाद, केसी एक तीस साल पुराने हत्या कांड को सुलझाती है, लेकिन कानूनी कमजोरियां के कारण शायद मुजरिम छूट जाए| मैकजी, सिलिकोन वैली की एक उच्च टेक्नोलॉजी कंपनी में जाता है जहाँ उसे एक अच्छी नौकरी का प्रस्ताव मिलता है|

कानून को अपने हाथ में लेने वालों के राष्ट्रीय नेटवर्क को दी जा रही सरकारी बैंक की राशि के बारे में पता लगने के बाद, एन सी आई एस की टीम को इसकी तह तक जाना होगा।

एन सी आई एस की टीम जांच करेगी अमेरिका में हुई उस मरीन सार्जेन्ट की हत्या का जिसे बाहर के देशों में जंग के माहान योद्धा के रूप में जाना गया था। उधर गिब्ब्स, बड़े अजीबो गरीब अंदाज़ में अपनी टीम को घटना स्थल पर चल रही जांच में छोड़ कर चला जाता है और डॉक्टर ग्रेस कौंफलोन (लौरा सैन गिआकोमो) की ओर सलाह के लिये मुड़ता है।

पुराने एफ बी आई के एजेन्ट टोबियास फोर्नेल ( जो स्पैनो ) की बेटी, एमिली फोर्नेल ( जूलियट एंजेलो) जब ड्रग की ओवर डोज़ के कारण अस्पाताल में भर्ती होती है तो वो गिब्ब्स से बिनती करता है कि जैसे भी हो लेकिन वो उस इलाके के ड्रग सपलायेर्स और डीलर्स को पकड़े। गिब्ब्स को ख़ुद से जुड़े केस के पहलू और कानून को हाथ में लेने वालों के इतिहास की याद परेशान कर देती है, इस 16वे सीज़न फिनाले में।