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En un mundo en el que jóvenes de tres ciudades protegen el mundo, Icchan está convencido de que no necesita a nadie para vencer a los Unknown enemigos.

Los protagonistas recibirán la misión de patrullar y colaborar con la reconstrucción del Aqualine, donde algunos alumnos de ingeniería del proyecto afirman haber avistado Unknowns.

Un Unknown gigantesco ataca la fortaleza Umihotaru de Aqualine cuando Suzaku debía estar patrullando. ¿Qué motivos tenía Suzaku para no atender sus responsabilidades? ¿Podrán recuperar la fortaleza y el Aqualine?

Un Ichiya afectado por el resultado de sus acciones se rompe emocionalmente, pero el enemigo sigue siendo una amenaza y necesitarán colaborar entre todos para intentar vencerlo.

Ante la muerte de Canaria, Suzaku se queda destrozado y Tokio sin líder. Kanagawa y Chiba tendrán que ayudar a gestionar y defender la ciudad mientras sus fuerzas se recuperan.

Mientras los alumnos se preparan para defenderse, Hotaru investiga por su cuenta y Hime asume el mando general. El episodio nos muestra además el pasado de Hime.

La situación es insostenible para Maihime, así que Hotaru deberá llegar hasta ella para cumplir su promesa y ayudarla, algo que parece a todas luces imposible.

Tras la última batalla las pérdidas han sido cuantiosas y Kasumi y su hermana reciben aún más responsabilidades. Sin embargo, a Kasumi lo atormentan las últimas palabras de Hotaru-chan.

Las últimas palabras de Hotaru-chan hacen que Kasumi tome una decisión y se marche solo en una peligrosa misión que no indica a nadie, y es que parece ser que tiene una idea de la verdad que oculta el mundo.

Ahora que conocen la verdad, el mundo de Kasumi, Asuha, Canaria, Suzaku y el resto, ha cambiado por completo. Viejas lealtades que ahora ya no sirven de nada y reencuentros con personas del pasado.

Ambos mundos chocan entre sí. Mientras unos pueden dejar atrás su pasado ilusorio, otros son incapaces de olvidar lo vivido pese a saber la verdad. ¿Pueden confiar en el mundo real? Es la hora de tomar una importante deicisón.

Los protagonistas se enfrentan a Asanagi, quien pese a ser humano ha sido mejorado por los Unknown como ellos. Las lealtades se miden nuevamente en la batalla final y las dudas resurgen en las mentes de los implicados.