Stargate Atlantis

Mens Sheppard and Ronon er fanget under et kollapset kompleks, er McKay og Lorne fanget i en annen lomme av vrakrester. Michaels flaggskip Skrømt-cruiser haster mot komplekset, mens Carter leder et redningsoppdrag. Hvem vil nå dem først?

Når dr. Keller ikke rapporterer for skiftet sitt, er bekymrede teammedlemmer sjokkerte over å oppdage henne bevisstløs på rommet. Med en eskalerende situasjon på Atlantis, står Woolsey til slutt overfor en avgjørelse som kunne koste Keller livet.

Under et utenomjordisk oppdrag, blir Ronon (Jason Momoa) overfalt og fanget av sin tidligere venn, Tyre (Mark Dacascos), og overgitt til skrømtene. Idet teamet leter etter spor for å finne vennen sin, går Ronon gjennom en grusom prøvelse.

En driversvikt om bord i et mystisk duplisert Daedalus sender teamet gjennom forskjellige alternative virkeligheter der de støter på onde utenomjordiske livsformer, en brennende sol og et feltromslag over Atlantis.

Etter en serie med anomalier og strømavbrudd, står Atlantis-teamet overfor en umulig avgjørelse: Å skape en måte å slippe fri et mystisk vesen, eller avvente mens det systematisk ødelegger byens teknologiske infrastruktur.

På en flyvning tilbake til Atlantis, blir McKay uforklarlig syk. Med frykt for det verste, tilkaller legen McKays søster for å si sine farvel. Men Ronon forteller Jeannie om et tempel som ville gi Rodney én dag til å være seg selv igjen før han dør.

Dr. Beckett (Paul McGillion) blir bedt om å utsette avreisen fra Atlantis når det kommer ord om at major Anne Teldy (Christina Cox) og teamet hennes har kommet over et av Michaels forlatte laboratorier inne i en omfattende katakombe under bakken.

Keller og Atlantis-teamet møter Skrømtet Todd, for å komme med et sjokkerende forslag. Keller tror hun har funnet en «kur» for skrømtenes behov for å fortære mennesker, men trenger en testperson for denne banebrytende behandlingen.

McKay og Ronon melder seg til å hjelpe dr. Jennifer Keller med en medisinsk oppfølging utenfor Atlantis. Senere, når paret returnerer til henne, blir de overrasket over å finne ut at hun dro tidligere, men et søk i landsbyen gir ingen tegn.

Stargate SG-1s dr. Daniel Jackson (Michael Shank) reiser til Atlantis når forskningen hans foreslår at en opprørsk Eldgammel-forsker ved navn Janus (Gildart Jackson) kan ha skjult et hemmelig laboratorium et sted i byen.

Jackson og McKay har reaktivert Attero-apparatet, en Eldgammel maskin designet for å utrydde skrømtene. Når de gjør dette, oppdager de grunnen til at apparatet til slutt ble gitt opp… Samtidig fortsetter Todd å holde Daedalus-mannskapet fanget.

Ob. Sheppard og teamet hans finner dr. Carson Beckett på en fremmed planet der han behandler en liten gruppe overlevende fra Hoffan-pesten. Men den samme kvelden ankommer en gruppe Skrømt-krigere, og truer med total tilintetgjørelse.

En nylig formet galaktisk koalisjon inviterer ob. ltn. John Sheppard og teamet hans til å representere Atlantis på det neste møtet deres. Men ved ankomst blir teamet umiddelbart pågrepet og må stå for retten for forbrytelser mot menneskeheten.

Atlantis blir plutselig fullstendig mørkt, med bare toppnivået av det sentrale tårnet upåvirket. Idet Sheppard og McKay forsøker å komme seg til toppnivået, oppdager de at et kraftfelt har blitt etablert for å hindre dem fra å få tilgang.

Mens Richard Woolsey (Robert Picardo) sliter med å holde posisjonen sin som lederen av Atlantis og McKay (David Hewlett) og Zelenka (David Nykl) etterforsker et mystisk funn, blir Sheppard fanget av en gammel fiende med planer om å invadere byen.

Når Atlantis-teamet blir gitt to ukers ferie, aksepterer dr. Rodney McKay motvillig en invitasjon fra sin tidligere rival, Malcolm Tunney, om å delta på en vitenskapelig demonstrasjon han påstår vil være løsningen på global oppvarming.

Teamet forbereder seg for det verste om bord i et Skrømt-flokkskip over Atlantis. De blir overrasket over å finne Skrømt-mannskapet i stase når den svikt på flokkskipet frigir resten av mannskapet… som har kannibalisert hverandre for mat.

Når dr. Jennifer Keller observeres med svært merkelig oppførsel, avslører omfattende testing ikke noe unormalt. Men McKays etterforskning fører ham til å mistenke at dr. Keller og Neela Casol, en beryktet forbryter, har byttet bevisstheter.

I et alternativt univers jobber John Sheppard hos Las Vegas-politiet og begynner å etterforske en merkelig serie med mord det antas er utført av en bisarr seriemorder. Har livet endret seg eller er dette en farlig Skrømt-plan?

Rådville over flokkskipets plutselige avreise, plukker teamet opp et svakt underromssignal i Skrømt-kode. Når den er avkodet, er deres verste frykt oppfylt. Skrømt-meldingen inneholder et kjent sett koordinater. Flokkskipet er på vei til jorden!