スターゲイト アトランティス

エリザベス・ウィア博士（トーリ・ヒギンソン）率いる新たなスターゲイトチームが 命を懸けて未知の銀河へと旅立つ。彼らがたどり着いたのは 伝説の失われた都市アトランティス。だが その先には 人間の恐怖を糧に生きる恐るべき新たな敵が待ち受けていた。全２部作の第１部

エリザベス・ウィア博士（トーリ・ヒギンソン）率いる新たなスターゲイトチームが 危険な任務で遥か銀河の彼方へと旅立つ。彼らが発見したのは 伝説の失われた都市アトランティス。だが そこには人類の存亡を脅かす未知なる敵が待ち受けていた。全２部作の第２部

マッケイ（デヴィッド・ヒューレット）は ベケット（ポール・マギリオン）が開発した最新のＡＴＡ遺伝子治療を最初に試すことを志願する。しかし実験は思わぬ事態へと発展。装置が外れず 食事も水も摂れない状態に陥ったマッケイ博士の命は危険にさらされることに！

メジャー・ジョン・シェパード（ジョー・フラニガン）が スターゲイト通過中に挟まれ 身動きが取れなくなった。ゲートが自動的に遮断されるまで残り時間はわずか38分。遮断されれば シェパードは宇宙空間に放り出され 窒息死は避けられない。チームは時間と闘いながら彼の救出に乗り出す。

レイスの度重なる襲撃を受け エリザベス・ウィア博士はアトランティス内部にスパイがいるのではと疑い始める。全ての疑念は次第にテイラへと向けられ、 彼女は仲間からの不信に深く傷つき、チームに裏切られたと感じたアソシアンたちは 新たに発見された土地へと移住する。

シェパード（ジョー・フラニガン）とウィア博士（トーリ・ヒギンソン）率いるチームは新たな惑星M7G-677を訪れる。そこでは住民がレイスを避けるためと信じ、誰もが24歳になる前に儀式的自殺を遂げていた。

ホフという惑星で、ワクチン開発に取り組む住民たちを支援するため、ベケット博士は懸命に研究を進める。しかし暴力や高い死亡率の脅威から、ワクチン接種に反対する意見もあった。そんな警告にもかかわらず ホフの人々は未来を賭けて投与を決断する。

チームは任務継続のための食料を得ようと平和な農耕社会、ジェニーを訪れる。しかし交流を進めるうちにジェニーがレイスへの大規模攻撃を密かに計画していることが判明。事態は急変する。

惑星M5S-224に到着したシェパードとチームは、地球に戻れる手段を見つけた。新たなハイパードライブを使って 一時帰還する計画を立てるしかし その矢先 エンジンが突如爆発しチームは思いがけない事態に直面する。

通常任務の最中、シェパードとテイラは巨大な嵐がアトランティスに接近していることを察知する。チームは都市の全員を避難させ マナリアン人が避難先を提供してくれることに。しかし シールドを再起動させる方法を模索する裏で都市はジェニーによって侵略されてしまう。

ジェニーがアトランティスを占拠し、ウィア博士（トーリ・ヒギンソン）とマッケイ（デヴィッド・ヒューレット）までも人質に取られる中、シェパード（ジョー・フラニガン）は都市の支配権を取り戻すため、危険な “猫と鼠” の攻防戦を繰り広げる。

シェパードとマッケイは２人の科学者と共に探索任務に出発したが、その途中レイスの艦から発せられる救難信号をキャッチ。調査に向かった彼らは そのＳＯＳが１万年もの間送られ続けていたという驚愕の事実を知る。

嵐の後アトランティスの被害状況を調査していた科学者チームは、知らぬ間に 幻覚と死をもたらすウイルスを放出してしまう。ウイルスはマッケイ ゼレンカ そしてフォードを感染させシェパードはさらなる拡散を阻止するため、危険な封じ込め作戦に挑む。

新たな惑星を探索中、シェパード（ジョー・フラニガン）とチームは、レイスから逃れる者たちの理想的な避難先となる楽園の惑星、プロキュラスを見つける。しかし現地住民は女神がその受け入れを許さないと強く信じていた。

都市の探索中、シェパード（ジョー・フラニガン）たちは、仮死状態で眠る老女を発見する。古代人だと思ったチームは彼女を目覚めさせたが、それはなんとウィア博士（トーリ・ヒギンソン）だと判明する。

チームは、１万年以上前にスダリアン人へと託されたゼロポイントモジュールが、惑星ダガンに隠されているという噂を追って捜索を開始する。だが調査が進むにつれ、新たに協力してくれている同盟者たちの行動に疑念が生まれ、彼らの真意がチームを不安にさせていく。

レイスの大軍がアトランティスに迫る中、マッケイは地球へメッセージを送信できる方法を発見し、チームは家族や大切な人々へ、想いを込めたメッセージを送ることが可能となった。一方、シェパードとテイラはレイス軍の情報を得るため、アトランティスを離れ危険な調査任務に向かう。

恐ろしい悪夢に悩まされるテイラ（レイチェル・ラトレル）は、かつて自分と父がレイスに捕らえられ、衝撃的な実験を受けた過去を徐々に思い出していく。アソシアンの老女の助けを借りながら、テイラは自らの過去の記憶を深く探っていく。

レイスの巨大ハイヴ艦隊がアトランティスへ向かっているとの報せを受け、チームは逃げ延びる手段と都市を自爆させる方法を模索する。一方、マッケイ（デヴィッド・ヒューレット）は、レイスを撃破するため、古代人が残した軌道上の兵器プラットフォームを起動させようとチームを率いて奮闘する。

チームが絶望の淵に立たされたその時、地球のスターゲイト計画からエヴァレット大佐が派遣され、チームとともに防衛戦略を練り始める。さらに、新型戦艦デダラスがゼロポイントモジュールを携えて到着し、新たな希望をもたらす。