Jake et Holt restent en Floride et s'adaptent à leur nouvelle vie dans le programme de protection des témoins, tandis que Jimmy Figgis, « le Boucher », est en liberté. Leur unique lien humain à leur vie habituelle est la capitaine Karen Haas, mais leur anonymat est en danger quand une vidéo d''eux devient virale.

Quand Jimmie Figgis, dit « le Boucher », voit la vidéo virale de Jake et Holt, ils commencent à préparer leur attaque. Mais pris en flagrant délit, ils vont faire l'expérience de l'autre côté d'un interrogatoire. De retour au commissariat, un nouveau capitaine douteux prend les commandes.

L'équipe fait une virée en Floride dans l'espoir d'aider Jake et Holt à faire tomber Figgis. Suite à une blessure imprévue et à une énième interruption du Sherif Reynolds, les choses ne se passent pas tout à fait comme tout le monde l'avait espéré. En plein chaos, Jake et Amy vivent des retrouvailles empreintes de gêne.

Alors que Jake est aux prises avec son premier dossier depuis son retour au commissariat, il rencontre Jess Day, en visite à New York, et lui demande de l'aider à trouver son suspect. Entre-temps, Holt essaye de booster le moral de ses collègues et Amy veut comprendre pourquoi Rosa n'arrête pas de prendre de très longues pauses.

Halloween au commissariat ne peut signifier qu'une chose : la saison des cambriolages. Cette année, les membres de l'équipe vont mettre le paquet pour tenter de remporter le titre de « Meilleur inspecteur / génie ». Les jeux sont faits et des plans sont dressés, mais il n'y aura qu'un seul champion.

Pimento et Rosa reprennent leur histoire et décident de se marier; toute la caserne prépare un mariage parfaite sous l'œil attentif d''Amy. Pimento demande à Jake et Gina de l'aider à retrouver les boucles d'oreille de sa grand-mère pour que Rosa puisse les porter à la cérémonie, mais le sort en a décidé autrement.

Au repas de Thanksgiving, minutieusement planifié par Amy, Jake en fait un paquet pour impressionner son père, M. Santiago, un ancien policier. Comme Jake et Amy sont occupés, Charles doit s''occuper de la dinde, tandis qu''Holt aide Pimento à digérer le fait qu''il ne pourra plus travailler à la police de New York.

Quand le célèbre auteur DC Parlov reçoit des menaces de mort, Jake et Terry se chargent de l'affaire, pour que Terry puisse rencontrer son héros de toujours. Au commissariat, Gina se fait une place dans le clan de cousins Boyle pour avoir son mot à dire quant à la destination de leurs prochaines vacances en famille.

Le capitaine « CJ » est confronté à des difficultés majeures dans le cadre d'une grosse affaire ; Jake et Holt se motivent pour l'aider. Au commissariat, la guerre est déclarée quand Terry applique une initiative écolo et dit à Gina de se débarrasser de son précieux chauffage d'appoint. De leur côté, Rosa et Boyle se rendent à un salon de massage pour les pieds pendant leur travail de nuit.

Quand Charles demande à Jake de l'aider à trouver le jouet préféré de son fils pour Noël, ils se retrouvent pris par hasard dans un face-à-face contre un réseau criminel letton. Les préparatifs de Noël battent leur plein au commissariat en vue du concours de chants de Noël annuel contre leur ennemi juré, la Metropolitan Transport Authority.

Toute l'équipe participe à une chasse à l'homme dans Brooklyn quand des prisonniers s'échappent d'une fourgonnette. Partie 1 sur 2.

Toute l'équipe participe à une chasse à l'homme dans Brooklyn quand des prisonniers s'échappent d'une fourgonnette. Partie 2 sur 2.

Avec une criminalité plus basse, Brooklyn va fermer un de ses commissariats. Le Neuf-Neuf est sûr que l'équipe sera évaluée équitablement, mais apprend que l'ex petit ami d'Amy, Teddy a été affecté en tant qu'auditeur. Toute l'équipe doit se serrer les coudes pour tenter de sauver le commissariat.

L'ex de Terry remet Terry en charge d'évaluer le commissariat, mais Jake et Rosa sont distraits par un cambriolage qui s'est produit sur le tournage de leur émission de télé préférée.

Au cours de ce qui pourrait bien être leur dernière enquête en tant que partenaires, Jake et Charles se donnent beaucoup de mal pour appréhender un voleur de vélos.

Le sergent Jeffords est arrêté par un collègue dans son propre quartier en dehors de ses heures de service.

Le commissariat se rend à la conférence annuelle des policiers régionaux, une bonne occasion de faire la bringue. Mais la fête pourrait être gâchée quand Holt leur donne la consigne de se tenir à carreaux.

Amy disparaît juste avant de passer son examen pour devenir sergente : Jake et Rosa vont devoir la retrouver avant qu'il ne soit trop tard.

La mère du capitaine Holt fait appel à l'aide du commissariat quand elle se fait cambrioler. Entre-temps, Terry, Rosa et Boyle rénovent la salle de repos, tandis qu'Amy montre à Rosa comment changer un pneu.

Jake et Rosa tentent de gagner le respect de leur idole, la lieutenante Melanie Hawkins, tandis que Charles, Terry et Gina testent des méthodes de pratique parentale pour résoudre un conflit entre Scully et Hitchcock.

En continuant à chercher une opération de cambriolage de banque avec la lieutenante Hawkins, Jake et Rosa se rendent compte que son équipe est plus complexe qu'il n'y paraît. Partie 1 sur 2.

En continuant à chercher une opération de cambriolage de banque avec la lieutenante Hawkins, Jake et Rosa se rendent compte que son équipe est plus complexe qu'il n'y paraît. Partie 2 sur 2.