Amate, uma estudante do ensino médio que vive em uma colônia espacial, conhece a entregadora Nyaan e se vê envolvida com sucateiros ilegais. Sem se conter frente à brutalidade policial na tentativa de recuperar o misterioso mobile suit conhecido como "Gundam Vermelho," Amate não hesita ao pilotar um mobile suit da nova geração chamado GQuuuuuuX, que estava bem na sua frente.

Durante a Guerra de Um Ano, Char, um piloto exemplar das forças do Principado de Zeon, captura em Side Seven o mais novo mobile suit da Federação Terrestre, chamado "Gundam." Como resultado, os rumos da guerra mudam dramáticamente, fazendo com que o Principado de Zeon saia vitorioso. No entanto, antes do fim da guerra, o Gundam e Char...

Amate acaba se envolvendo em um esporte ilegal de duelos de Mobile Suits chamado "Batalha de Clã." Em meio à confusão ela conhece Shuji, um rapaz que pilota o Gundam Vermelho. Amate propõe que eles se unam como M.A.Vs e entrem nas Batalhas de Clãs juntos. Adotando o codinome "Machu," Amate se lança ao espaço outra vez como piloto do GQuuuuuuX.

Uma super unicum conhecida como a "Bruxa", que abateu mais de 100 inimigos durante a Guerra de Um Ano, entra na Batalha de Clãs para acertar as contas com o Gundam Vermelho. Ao ver a Bruxa, obcecada por combates de mobile suits mesmo às custas de abandonar sua família, Machu observa as profundezas da obsessão humana.

Machu quer ganhar dinheiro nas Batalhas de Clã e viajar para a Terra com Shuji e Nyaan. No entanto, no dia da Clã, Machu é descoberta por Xavier. Desse jeito, a viagem para a Terra vai continuar apenas um sonho. E é aí que Nyaan...

Annqi descobre o esconderijo de Shuji. Informações sobre o Gundam Vermelho valem mais do que o prêmio da Batalha de Clãs. Machu descobre os planos de Annqi de vender informações durante as Batalhas de Clãs. A agência de inteligência da Federação Terrestre descobre informações secretas sobre Kycillia e decide...

Ao descobrir os planos de Annqi, Machu combina com Nyaan de usarem as Batalhas de Clã para escaparem. Porém, o próximo oponente nas clãs chega com um novo modelo de mobile armor operado por terroristas que planejam assassinar Kycillia.

Na etapa final da Guerra de Um Ano, a tropa de Sodon, liderada por Char, se lançou para impedir uma operação das forças da Federação Terrestre que visava derrubar a fortaleza de Solomon para proteger a cidade lunar de Granada. Cinco anos depois, Nyaan se encontra em Granada com Kycilia.

Guiada por uma mensagem misteriosa, Machu escapa de Sodon e vai sozinha para a Terra no GQuuuuuuX. Depois de uma aterrissagem forçada, ela é resgatada por uma mulher a quem se referem como "irmã," que é mantida como refém na Mansão Kabas. Machu decide fugir com ela na tentativa de escapar usando o Core Fighter.

Para impedir que o Yomagn'tho cause destruição, Machu recebe uma missão de Challia Bull para resgatar a garota da rosa. No entanto, Kycilia age primeiro. O GFreD, novo mobile suit de Nyaan, inicia a ativação do canhão Zeknova. Seu alvo: toda a humanidade na Terra...

Uma adolescente de uma colônia espacial conhece um refugiado e participa de lutas secretas de mechas. Sua vida muda quando um Gundam e seu jovem piloto aparecem.

É o fim do jogo. Um mobile suit branco aparece vindo do outro lado e tenta matar Lalah. Para a surpresa de Machu, o piloto deste Demônio Branco é ninguém menos que Shuji. Decidida a proteger Lalah, Machu e Nyaan lutam como MAVs e resolvem lutar contra Shuji.