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부스와 브레넌이 서로를 못 본 지 6주가 지났다.부스와 브레넌이 서로를 못 본 지 6주가 지났다.

부스와 브레넌이 비밀 요원의 살인사건을 수사한다.부스와 브레넌이 비밀 요원의 살인사건을 수사한다.

부스와 브레넌이 음악 신동의 살인사건을 수사한다.부스와 브레넌이 음악 신동의 살인사건을 수사한다.

브레넌과 부스가 한 지역 단지의 파티에서 발견된 인간 사체를 조사한다. 교외 정치와 비밀스런 추문으로 인해 이웃들은 각자 어떤 동기를 갖게 되고, 브레넌과 부스, 스위츠는 살인 용의자를 찾기 위해 이 사건을 자세히 들여다본다. 한편, 제퍼소니언 인턴 아라스투는 자신의 배경을 털어놓게 되고, 부스의 아들은 부스에게 애인을 찾아 주려고 한다.브레넌과 부스가 한 지역 단지의 파티에서 발견된 인간 사체를 조사한다. 교외 정치와 비밀스런 추문으로 인해 이웃들은 각자 어떤 동기를 갖게 되고, 브레넌과 부스, 스위츠는 살인 용의자를 찾기 위해 이 사건을 자세히 들여다본다. 한편, 제퍼소니언 인턴 아라스투는 자신의 배경을 털어놓게 되고, 부스의 아들은 부스에게 애인을 찾아 주려고 한다.

브레넌과 부스는 사건을 조사하면서 역사를 바꾸게 된다.브레넌과 부스는 사건을 조사하면서 역사를 바꾸게 된다.

브레넌과 부스가 사람들의 심기를 건드린다.브레넌과 부스가 사람들의 심기를 건드린다.

브레넌과 부스가 키 작은 사람의 사망 사건을 수사한다.브레넌과 부스가 키 작은 사람의 사망 사건을 수사한다.

브레넌과 부스가 모든 모양과 크기를 조사한다.브레넌과 부스가 모든 모양과 크기를 조사한다.

브레넌과 부스가 이기기 위한 게임을 한다.브레넌과 부스가 이기기 위한 게임을 한다.

산타클로스처럼 옷을 입은 남자가 서툴게 은행을 털다가 자폭하자, 브레넌과 부스는 그의 신원과 범행 동기를 확인하기 위해 수사에 나선다. 한편, 브레넌은 엘살바도르에서 크리스마스를 보낼 계획을 세우지만, 그녀의 아버지(특별 출연: 라이언 오닐)는 자신과 새로 알게 된 먼 친척인 마거릿 화이트셀(특별 출연: 조이 데이셔넬)과 함께 휴가를 보내자고 설득한다.산타클로스처럼 옷을 입은 남자가 서툴게 은행을 털다가 자폭하자, 브레넌과 부스는 그의 신원과 범행 동기를 확인하기 위해 수사에 나선다. 한편, 브레넌은 엘살바도르에서 크리스마스를 보낼 계획을 세우지만, 그녀의 아버지(특별 출연: 라이언 오닐)는 자신과 새로 알게 된 먼 친척인 마거릿 화이트셀(특별 출연: 조이 데이셔넬)과 함께 휴가를 보내자고 설득한다.

브레넌과 부스가 최근의 사건으로 외계를 조사하게 된다.브레넌과 부스가 최근의 사건으로 외계를 조사하게 된다.

제퍼소니언 연구실이 폐쇄된다.제퍼소니언 연구실이 폐쇄된다.

브레넌과 부스가 사건을 해결하기 위해 대립한다.브레넌과 부스가 사건을 해결하기 위해 대립한다.

선과 악의 싸움이 펼쳐진다.선과 악의 싸움이 펼쳐진다.

홍수로 시신이 떠오르면서 제퍼소니언 팀은 지하를 조사하게 된다.홍수로 시신이 떠오르면서 제퍼소니언 팀은 지하를 조사하게 된다.

본즈'가 처음을 회상한다.

제퍼소니언 팀이 맡은 최근 사건으로 인해 브레넌이 모교인 버턴즈빌 고등학교로 돌아간다. 거기서 신원 미상의 두개골과 상반신이 발견되어 브레넌과 부스는 조사에 착수한다. 그들은 안젤라의 도움으로 피해자가 브레넌의 동창생임을 확인하고, 15년 전에 발생한 두 번째 살인사건과 관련이 있다는 걸 알게 된다. 브레넌과 부스는 용의자들을 심문하기 위해 부부로 위장하여 고등학교 동창회에 간다. 거기서 브레넌은 성인이 된 지금도 여전히 예상대로 오해를 받고, 그녀의 유일한 친구는 낯설고 어두우면서도 기이한 관리인(특별 출연: 로버트 잉글런드)이 되어 있다. 한편, 하진스는 연구실의 비밀을 유출한다.

상어의 뱃속에서 인간 사체가 발견되자, 브레넌과 부스가 실종된 사람의 신원을 확인하고자 한다. 피해자가 여러 물고기에게 잡아 먹혔다는 증거가 나오자 제퍼소니언 팀은 수사를 위해 대서양 수족관으로 가게 된다. 그곳의 초청 강사이자 바다의 치유력에 대해 설파하던 악명 높은 셀프-헬프 구루(자신의 영적 경험을 바탕으로 타인의 변화를 유도하는 사람)가 행방불명되었다는 걸 알게 된다. 한편, 브레넌과 부스는 관계를 진전하기 위해 노력하면서 갈수록 새로운 사랑에 관심을 갖게 된다.

어느 호텔 세탁기에서 부유한 모험가의 시신이 발견되자, 부스와 브레넌은 그가 마지막으로 목격된 장소인 락앤롤 판타지 캠프로 향한다. 브레넌과 부스가 연구실 밖에서 수사를 하는 동안, 하진스, 안젤라, 인턴 아라스투(특별 출연: 페이 바닷)는 사체와 함께 발견된 선사 시대의 털북숭이 매머드 상아 조각과 음악 산업에 대한 안젤라의 지식을 이용해서 증거물과 용의자들 간의 연관성을 찾는다. 한편, 카밀은 딸 미셸을 위해 의사를 알아본다.

숲에서 오두막이 불에 타고, 두 구의 시신이 발견된다. 하나는 현대판 마녀, 다른 하나는 세일럼 마녀재판 시대의 것이다. 이 사건으로 부스와 브레넌은 살인범을 찾기 위해 위카(주술 숭배)의 세계를 탐험한다. 한편, 하진스의 부주의한 운전으로 인해 하진스와 안젤라가 체포되어 수감되자, 스위츠와 인턴 클라크 에디슨(특별 출연: 유진 버드)이 제퍼소니언 팀을 돕기 위해 낯선 영역으로 나선다.

그레이브디거의 재판이 제퍼소니언 팀원들에게는 마치 자신들의 일 같다. 제퍼소니언에 있는 모두가 유죄 판결을 끌어내려고 법의학적 증거를 찾기 위해 늦게까지 애쓴다.

제퍼소니언 팀은 어느 수집광의 죽음을 둘러싼 미스터리를 풀기 위해, 그가 모은 목숨과도 같은 소장품들 아래에 묻혀 있는 단서를 찾으려고 노력한다. 한편, 안젤라의 아버지(특별 출연: 빌리 기번스)는 특별한 목적으로 안젤라를 찾아오고, 브레넌과 부스는 본즈 시즌 5 최종편에서 특별한 기회를 마주한다.